Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,399,240 | C→G | 16.4% | G96A (GGC→GCC) | fnr ← | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,399,240 | 0 | C | G | 16.4% | 1575.4 / 273.9 | 503 | G96A (GGC→GCC) | fnr | oxygen‑sensing anaerobic growth regulon transcriptional regulator FNR; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (187/232); new base G (37/46); total (224/279) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 509 total aligned reads displayed.
GACGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCA > NC_000913/1399091‑1399389 | gACGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGc < 2:7238873/150‑1 (MQ=255) cGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCt < 1:7618746/150‑1 (MQ=255) cGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCt < 1:4272575/150‑1 (MQ=255) cGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCt > 2:1470845/1‑150 (MQ=255) gCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTg > 2:7539131/1‑150 (MQ=255) tcTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAAt < 2:4568886/150‑1 (MQ=255) tcTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAAt < 1:6316078/150‑1 (MQ=255) ctgctgACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATg < 1:7232309/150‑1 (MQ=255) tgctgACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTTGCCTGCTAAATgg > 1:8298528/1‑150 (MQ=255) ctgACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGaa > 1:2969501/1‑150 (MQ=255) tgACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGaaa > 1:6767805/1‑150 (MQ=255) aCGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAAcc > 2:6310945/1‑150 (MQ=255) aCGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGACGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAAcc > 2:4781433/1‑150 (MQ=255) cGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCa < 1:2118443/150‑1 (MQ=255) aTTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTTGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGAt > 1:1615290/1‑150 (MQ=255) tCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGAttt > 2:7786319/1‑150 (MQ=255) ccGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCt < 1:5503396/150‑1 (MQ=255) ccGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCt > 1:9172905/1‑150 (MQ=255) ggACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTg < 2:1149797/150‑1 (MQ=255) gACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGc < 2:8332281/150‑1 (MQ=255) aCAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCt < 2:4096743/150‑1 (MQ=255) aaaTCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCa < 1:4708777/150‑1 (MQ=255) aaaTCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCa > 1:3378388/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGGGTCAAATCCCACCAGGTTGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATg < 2:5786994/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATg < 1:5220793/150‑1 (MQ=255) aGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGta < 1:8687996/150‑1 (MQ=255) aGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGta > 1:5143349/1‑150 (MQ=255) gCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGtat > 2:2450188/1‑150 (MQ=255) cGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGtata < 2:2319508/150‑1 (MQ=255) gTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATaa < 2:2234605/150‑1 (MQ=255) tttCGAACGGGACTTCCCATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAACCCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAAc < 1:1758711/150‑1 (MQ=255) tCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTTGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACtt > 2:3351321/1‑150 (MQ=255) cGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACttt > 1:7865336/1‑150 (MQ=255) aaCGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTa > 2:4665299/1‑150 (MQ=255) aCGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTaa < 1:375068/150‑1 (MQ=255) cGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAAt > 2:5987381/1‑150 (MQ=255) cGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAAt < 1:4110288/150‑1 (MQ=255) aTTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGTGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTa < 1:7119938/150‑1 (MQ=255) aTTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTa < 1:8796741/150‑1 (MQ=255) aTTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTa < 1:6404848/150‑1 (MQ=255) ttCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGGCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTAcc < 1:7663647/150‑1 (MQ=255) cacaTACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCgg > 2:4443577/1‑150 (MQ=255) acaTACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGa > 1:2680645/1‑150 (MQ=255) 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cGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCt < 1:8040748/150‑1 (MQ=255) cGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCt < 2:9192433/150‑1 (MQ=255) | GACGCATCATCTGCTGACGCAGATTCGGCATTTTACCGGACAAATCGTCCAGCGTTTCGAACGGGATTTCACATACCATCGAGGTTTCCAGCGCCTGCGCGAAGCTCGGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCA > NC_000913/1399091‑1399389 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |