| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,266,437 | C→A | 7.0% | P219Q (CCG→CAG) | alr → | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,266,437 | 0 | C | A | 7.0% | 207.3 / 3.1 | 57 | P219Q (CCG→CAG) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base A (2/2); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
AAACAACTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATAC > NC_000913/4266298‑4266575 | aaaCAACTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTcgcc < 1:1145396/140‑1 (MQ=255) acTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTgg < 2:1174539/140‑1 (MQ=255) acTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTgg < 1:287053/140‑1 (MQ=255) acTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCAGCTgg > 2:547134/1‑140 (MQ=255) acTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCAGCTgg > 2:545453/1‑140 (MQ=255) cTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCTTCTCGCCGCTGGa > 1:866240/1‑140 (MQ=255) cTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGa > 1:748417/1‑140 (MQ=255) cTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGa > 1:748564/1‑140 (MQ=255) cTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGa > 1:748596/1‑140 (MQ=255) cTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCAGCTGGAAGAt < 1:545453/140‑1 (MQ=255) cTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCAGCTGGAAGAt < 1:547134/140‑1 (MQ=255) cTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTg < 1:1192346/140‑1 (MQ=255) tttGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGcc > 1:976228/1‑140 (MQ=255) tttGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGcc > 2:992459/1‑140 (MQ=255) ggCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTgg > 2:565382/1‑140 (MQ=255) ggCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTgg > 2:565487/1‑140 (MQ=255) ccATTGCCGCGTCGGGTGGCTTTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGTGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCa < 1:128071/140‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCa < 1:1054714/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACTGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGACTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCTCCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 2:1086625/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTCTGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 1:411833/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 1:565382/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 1:565487/140‑1 (MQ=255) aTTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 1:913847/140‑1 (MQ=255) aTTGCAGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTAGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACt < 1:58991/140‑1 (MQ=255) tGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTaa > 2:556438/1‑140 (MQ=255) ccGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAAcc > 1:428228/1‑140 (MQ=255) gcgTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTc < 2:161354/140‑1 (MQ=255) gcgTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTc < 2:90839/140‑1 (MQ=255) cgTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTcc < 2:71431/140‑1 (MQ=255) tCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAg > 1:693293/1‑140 (MQ=255) tCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAg > 2:446435/1‑140 (MQ=255) gCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCAGTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATGTTGGCTGTCAGCCAGAGATGTCACTGACCTCCAGCCTGAtt > 2:673474/1‑140 (MQ=255) ccACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCa < 2:442141/140‑1 (MQ=255) aGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATaaa > 1:728145/1‑140 (MQ=255) aGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGCGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATaaa > 1:1004638/1‑140 (MQ=255) gTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAg > 2:180414/1‑140 (MQ=255) gCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCg < 2:976228/140‑1 (MQ=255) aTTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGga < 2:76320/140‑1 (MQ=255) tGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGc > 1:87575/1‑140 (MQ=255) aCTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCt < 2:720348/140‑1 (MQ=255) cTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTg < 2:544165/140‑1 (MQ=255) tGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGt < 2:126751/140‑1 (MQ=255) gcgcCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGtt < 1:471519/140‑1 (MQ=255) ggCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTAtggtgg > 1:1083520/1‑140 (MQ=255) atcatTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAAc < 1:484041/140‑1 (MQ=255) atcatTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAAc < 2:1035509/140‑1 (MQ=255) atcatTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGACTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAAc < 2:1035522/140‑1 (MQ=255) catTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCt > 1:188834/1‑140 (MQ=255) catTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCt > 1:901912/1‑140 (MQ=255) tATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAg < 1:1173102/140‑1 (MQ=255) tATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAg < 1:1174659/140‑1 (MQ=255) tATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAg > 2:1089482/1‑140 (MQ=255) tATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAg > 2:95371/1‑140 (MQ=255) tATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAg < 1:708067/140‑1 (MQ=255) aTGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGc > 2:735554/1‑140 (MQ=255) ctcGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTTTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTg > 1:506427/1‑140 (MQ=255) ctcGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGACCCTGGGTAAGCGAACGTg > 1:1184782/1‑140 (MQ=255) ctcGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTg > 1:482187/1‑140 (MQ=255) cgccgcTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGAt > 1:315629/1‑140 (MQ=255) ccgcTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATAc < 2:898160/140‑1 (MQ=255) ccgcTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATAc < 2:898449/140‑1 (MQ=255) | AAACAACTCGCTATCTTTAATACCTTTTGCGAAGGCAAACCTGGTCAACGTTCCATTGCCGCGTCGGGTGGCATTCTGCTGTGGCCACAGTCGCATTTTGACTGGGTGCGCCCGGGCATCATTCTTTATGGCGTCTCGCCGCTGGAAGATCGCTCCACCGGTGCCGATTTTGGCTGTCAGCCAGTGATGTCACTAACCTCCAGCCTGATTGCCGTGCGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATAC > NC_000913/4266298‑4266575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |