Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,518,816 | A→G | 6.7% | pseudogene (96/504 nt) | insB1 → | IS1 transposase B;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,518,816 | 0 | A | G | 6.7% | 372.6 / 15.0 | 120 | pseudogene (96/504 nt) | insB1 | IS1 transposase B;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/71); new base G (2/6); total (43/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.16e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGACGGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACG > NC_000913/4518679‑4518953 | tAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAAcc < 1:301576/140‑1 (MQ=255) tAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGACTCAACACGGTATTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAAcc < 2:389221/140‑1 (MQ=255) gCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACTCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCggg < 2:539414/140‑1 (MQ=255) gCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCCGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCggg < 2:578105/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGACGGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACg > 2:517522/1‑140 (MQ=255) | TAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGACGGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACG > NC_000913/4518679‑4518953 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |