| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,914,813 | T→C | 12.5% | N2D (AAC→GAC) | prc ← | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,914,813 | 0 | T | C | 12.5% | 86.8 / 5.7 | 32 | N2D (AAC→GAC) | prc | carboxy‑terminal protease for penicillin‑binding protein 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/10); new base C (2/2); total (20/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
ACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACGGTGGCATCCATCGCGTTTTGACCCGCTTT > NC_000913/1914674‑1914952 | aCGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 2:590752/140‑1 (MQ=255)aCGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 1:198570/140‑1 (MQ=255)aCGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 1:144888/140‑1 (MQ=255)aCGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGtt < 1:144435/140‑1 (MQ=255) gCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTc > 1:1203117/1‑140 (MQ=255) aTGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCg > 2:884033/1‑140 (MQ=255) aTGCTGCGTCTCTTCCTCTATTACCGGAATTTGATCTGCACGCGTGATATCTACTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAGGCTGGCCAGCTAAGGCGGTAAGCCTAAAAAACATGGTCCTGCCTGGCCCGGCCTCCg > 2:564706/1‑140 (MQ=255) aTGCTGCGTCTCATCCTTTAAGACCGGATTTTGATCAGCACGCGGGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCTGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTATAAGACCTGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCg > 2:563432/1‑140 (MQ=255) gcGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCa < 2:262772/140‑1 (MQ=255) cGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAg > 1:435678/1‑140 (MQ=255) cGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAg > 1:435723/1‑140 (MQ=255) ctctTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAac < 2:1203117/140‑1 (MQ=255) ccTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAg > 2:675585/1‑140 (MQ=255) ggAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTCCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTgcgc > 2:796856/1‑140 (MQ=255) ggAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTCCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTgcgc > 2:796868/1‑140 (MQ=255) aTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGca < 1:481670/140‑1 (MQ=255) aTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGca < 2:1205735/140‑1 (MQ=255) aTTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGca < 1:675585/140‑1 (MQ=255) aTTAGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGca < 2:791476/140‑1 (MQ=255) ctACAGCGAAGGTCTGGCCTTCTATTGAAAGCATGCCAGCTAACGCTGTAAGCATAAAAAACATGTTCATGCCTGGACCGGCCTACGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACACGAATTCAg > 2:966083/1‑140 (MQ=255) aaGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGgtgt < 2:358711/97‑1 (MQ=255) aaGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGgtgt > 1:358711/1‑97 (MQ=255) aaGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTggacgc > 1:635308/1‑140 (MQ=255) aaGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTggacgc > 1:635294/1‑140 (MQ=255) tCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTggacggggac < 2:612756/140‑1 (MQ=255) gCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAAAGCGGTAAGCCTAAAAATCATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCg > 2:468978/1‑140 (MQ=255) gCCTCCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGGTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCg > 1:185020/1‑140 (MQ=255) cTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCttt > 1:1010846/1‑140 (MQ=255) cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGAt > 2:600769/1‑140 (MQ=255) cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTCCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCTAAGAAATAAAAGAATTCAGCTGGTCGCGGAAGGAGTATTTGGtttt < 1:796868/140‑4 (MQ=255) cAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTCCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCATAGAAATTACATAATTCAGCTGGACGCGGAAGGAGTATTTGGtttt < 1:796856/140‑4 (MQ=255) cAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCt > 1:136332/1‑140 (MQ=255) cAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCt > 1:1068429/1‑140 (MQ=255) aGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACg < 1:1198985/140‑1 (MQ=255) tAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGTACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACGGTGGcatccat > 1:661737/1‑140 (MQ=255) aaCATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACGGTGGCATCCATCGCGTTTTGAc < 1:598205/140‑1 (MQ=255) tCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACGGTGGCATCCATCGCGTTTTGACCCGCttt < 1:23836/140‑1 (MQ=255) | ACGCGCTCACTTACCGTCGCATGCTGCGTCTCTTCCTTTAATACCGGAATTTGATCAGCACGCGTGATATCTTCTACAGCGAAGGTCTGGCCTGCTATTGCAAGCAGGCCAGCTAACGCGGTAAGCCTAAAAAACATGTTCATGCCTGGCCCGGCCTCCGTTTCAGAACACCAGGTGTTCTGCGCGCACAATCAAAGACATACCCGAATTCAGCTGGACGCGGACGCCGTCTTTGGTGATTTCTAATACGGTGGCATCCATCGCGTTTTGACCCGCTTT > NC_000913/1914674‑1914952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |