| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,036,288 | G→T | 8.3% | intergenic (‑6/+85) | prfB ← / ← recJ | peptide chain release factor RF‑2/ssDNA exonuclease, 5' ‑‑> 3'‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,036,288 | 0 | G | T | 8.3% | 162.6 / 3.3 | 48 | intergenic (‑6/+85) | prfB/recJ | peptide chain release factor RF‑2/ssDNA exonuclease, 5' ‑‑> 3'‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/26); new base T (2/2); total (20/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CCGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGA > NC_000913/3036149‑3036424 | ccGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTGTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGTATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTg > 1:102075/1‑140 (MQ=255)ccGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGCTTAATTTCAAACATGGTCTg > 1:942341/1‑140 (MQ=255)ccGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTg > 1:1111884/1‑140 (MQ=255)ccGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTg > 1:1151273/1‑140 (MQ=255) ggCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGAt < 1:176366/140‑1 (MQ=255) tGTTCCAGCTCGGCGTGTACTTCATCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAACGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTc < 2:653398/140‑1 (MQ=255) tGTTCCAGCTCGGCGTCTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTc < 2:647421/140‑1 (MQ=255) gTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCt > 2:255937/1‑140 (MQ=255) cGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAg < 2:102231/140‑1 (MQ=255) cGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAg < 2:744846/140‑1 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2:1092036/1‑140 (MQ=255) cGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGACGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGAGTAGTTACCGGATTAATTTAAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTa > 2:131607/1‑140 (MQ=255) ttcCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTTATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGc > 2:765581/1‑140 (MQ=255) ttcCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTTATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGc > 2:765467/1‑140 (MQ=255) aCGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTTAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGAt < 2:665382/140‑1 (MQ=255) ctttcttGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTACGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAagag < 1:1206765/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tcgtAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTAc < 1:934878/140‑1 (MQ=255) tcgtAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTAc < 1:354016/140‑1 (MQ=255) cgtAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTAcc < 1:1006727/140‑1 (MQ=255) cgtAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTAcc < 1:1006526/140‑1 (MQ=255) aaaGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCa > 1:334150/1‑140 (MQ=255) aaGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCAc < 2:997180/140‑1 (MQ=255) aTACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGct < 1:910899/140‑1 (MQ=255) aTACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAAATACAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGct < 1:490076/140‑1 (MQ=255) aCCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTTATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGctct < 1:765581/140‑1 (MQ=255) aCCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTTATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGctct < 1:765467/140‑1 (MQ=255) ccccTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCttt > 2:1065038/1‑140 (MQ=255) cGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAgaga 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cGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTc > 2:464537/1‑140 (MQ=255) tACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAATAGCGGGATTTTACCCAATCCACGCTCTTTATTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATAGTCGATGTTaa > 2:232798/1‑140 (MQ=255) cGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAAttt > 1:517140/1‑140 (MQ=255) cGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAAttt > 2:325890/1‑140 (MQ=255) ggATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTg < 2:601991/140‑1 (MQ=255) aaTTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGc < 2:695975/140‑1 (MQ=255) tGGTCTGATTTCTTTTTTTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATGGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCcg < 2:737646/140‑1 (MQ=255) tCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGa < 1:706129/140‑1 (MQ=255) | CCGGCTGTTCCAGCTCGGCGTTTACTTCTTCCAGACGCTCTTTCTTGGCGTCGTAGTCAAAGATACCCCCTAAGAACGTCGGAGCGTTCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGA > NC_000913/3036149‑3036424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |