| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 418,088 | C→G | 5.3% | P67R (CCG→CGG) | phoR → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 418,088 | 0 | C | G | 5.3% | 2103.5 / 32.3 | 602 | P67R (CCG→CGG) | phoR | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (344/217); new base G (6/34); total (351/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 608 total aligned reads displayed.
CTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCGGTGGTGCTGACCACGGAA > NC_000913/417939‑418236 | gcCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCgg < 1:1377722/150‑1 (MQ=255) tCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGc > 2:5641968/1‑150 (MQ=255) cccGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCg < 1:1476951/150‑1 (MQ=255) 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tCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTggg > 2:1421426/1‑150 (MQ=255) tGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAAc < 2:6844914/150‑1 (MQ=255) gTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGc < 1:876959/150‑1 (MQ=255) gTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGc < 2:4144935/150‑1 (MQ=255) gTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGc < 1:2065242/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |