| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 784,979 | G→T | 6.8% | I113I (ATC→ATA) | ybgS ← | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 784,979 | 0 | G | T | 6.8% | 1588.4 / 12.0 | 482 | I113I (ATC→ATA) | ybgS | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (174/258); new base T (48/2); total (222/260) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
TCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTAT > NC_000913/784830‑785127 | aTCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGAt < 2:5994128/150‑1 (MQ=255) aTCCCTTAAGTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGAt < 1:6472291/150‑1 (MQ=255) ccTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCAGTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACCTCCTGATTGATG‑cc > 1:4120295/1‑150 (MQ=255) 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ttGATG‑CCATCACCGGTTTGGACCTTTTTATTGAGATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTa < 1:4951008/150‑1 (MQ=255) | TCATCCCTTAATTATTCTCACTTAACTTTATGACATCATACTGCTTTTAGAAGTGAAAAATTAAAAGGGAGAGACTCCGCTCTCCCATTATTGGCTATTTTGCAGGGTTACTGCGTGGTACCGTCGGTTTTGGTATCGACATCATTATTGATG‑CCATCACCGGTTTGTACCTTTTTATTGATATCCGGACAGCGACCATCTTTGCACATGGTGTTCTTGTGCTCTTCATCTTTGGTCATTCCGTCATTGTTCATTGAAGAACCATCCGAATGCAGCATTGTGCCGCCAGAACCGGTAT > NC_000913/784830‑785127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |