| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,185,435 | G→T | 7.3% | intergenic (‑134/+89) | thiM ← / ← rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,185,435 | 0 | G | T | 7.3% | 1293.2 / 10.9 | 425 | intergenic (‑134/+89) | thiM/rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (158/220); new base T (44/3); total (202/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 430 total aligned reads displayed.
GCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGA‑TGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGC > NC_000913/2185286‑2185584 | gcagGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCTGATCATGTGATTCGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTg < 2:2650967/150‑1 (MQ=255) cagGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGc > 1:4012178/1‑150 (MQ=255) agGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCATTGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCg < 1:6474829/150‑1 (MQ=255) agGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCg > 2:1120279/1‑150 (MQ=255) agGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGACCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCg > 1:6041141/1‑150 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCga < 2:8377395/150‑1 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCga < 1:4839116/150‑1 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCga > 1:2642155/1‑150 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCga < 2:4275045/150‑1 (MQ=255) ggTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCga < 2:7695663/150‑1 (MQ=255) gTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgat > 1:4734311/1‑150 (MQ=255) gTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCgat > 1:3799757/1‑150 (MQ=255) tCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCgatg > 2:5740515/1‑150 (MQ=255) aCTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATa < 1:2769171/150‑1 (MQ=255) cTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATaa < 1:7368285/150‑1 (MQ=255) ttGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATaaa > 1:4462115/1‑150 (MQ=255) ttGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATaaa > 1:3161565/1‑150 (MQ=255) tGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAAt < 2:1449059/150‑1 (MQ=255) gCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATc < 1:5194550/150‑1 (MQ=255) cATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCTATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCg < 2:4466335/150‑1 (MQ=255) gTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCaga < 2:6913036/150‑1 (MQ=255) tttGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGATAAATAGCagag > 1:791481/1‑150 (MQ=255) tttGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGCGGATAAATCGCagag > 1:5767812/1‑150 (MQ=255) tGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAgagga < 1:5515421/150‑1 (MQ=255) tGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAgagga < 1:5341678/150‑1 (MQ=255) tCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATTATAAATAGCAGAggagga > 1:1276180/1‑150 (MQ=255) cTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGGTGCGATTTTAAATCGCAGAGGAGGA‑Tg > 1:6882378/1‑150 (MQ=255) cTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCCGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGA‑Tg < 1:1467548/150‑1 (MQ=255) tGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGTTAAATAGCAGAGGAGGA‑Tgg > 2:215803/1‑150 (MQ=255) aTAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGATAAATCGCAGAGGAGGA‑TGGTAAt > 2:3491642/1‑150 (MQ=255) tAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGA‑TGGTAATg < 1:6267439/150‑1 (MQ=255) gTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGA‑TGGTAATGTCCa < 2:5479061/150‑1 (MQ=255) gaagaaGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGGTGTTAAATAGCAGAGGGGGG‑TGGTCATGTCCCgc > 1:3175623/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |