| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1039632 | 75 (0.830) | 4 (0.050) | 4/260 | NT | 5.3% | coding (337/1137 nt) | cbdB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| ? | NC_000913 | = 1039666 | 72 (0.840) | coding (371/1137 nt) | cbdB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II | |||||
GTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCT > NC_000913/1039484‑1039779 | gTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATG > 1:539207‑M1/1‑149 (MQ=255)gTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATG > 1:716616‑M1/1‑149 (MQ=255)gTTGATCCTCGCTGGCGGGGCATTTTTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATG < 1:210181‑M1/149‑1 (MQ=255) ttGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGc > 2:1586292/1‑149 (MQ=255) gATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCAc > 2:574032/1‑149 (MQ=255) tCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGATAAATCGCCGATGCACGc > 2:1016570/1‑149 (MQ=255) tCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGc > 2:1252103/1‑149 (MQ=255) tCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGc > 1:1377529/1‑149 (MQ=255) tCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGc > 1:1018355/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTg > 1:1151986/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGGTGGGGCAGTATTTGCCGCCTGGCCCAGATTGTATTCTTCGTCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGGGATGTTCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTg < 2:566290/149‑1 (MQ=255) gggCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAAtg < 2:809363/149‑1 (MQ=255) gCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAAtgtg > 1:568686/1‑149 (MQ=255) gCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAAtgtg > 1:9989/1‑149 (MQ=255) cATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTgg < 2:591559/149‑1 (MQ=255) ttattTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGa > 2:817341/1‑149 (MQ=255) attTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACg > 2:690223/1‑149 (MQ=255) ccgccTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGt < 1:1452554/149‑1 (MQ=255) 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cccAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcat < 2:716616‑M1/149‑38 (MQ=255) cccAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTcat < 2:648902‑M2/149‑4 (MQ=255) ccAGAGTGTATGCATCGTCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGTTGATCCTGGCGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGTGACGCCGGTCTGGTcatc > 2:1275667‑M2/1‑145 (MQ=255) cAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTCTCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTcatcg > 1:1174853‑M2/1‑144 (MQ=255) cAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGGTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTcatcg > 1:1476846‑M2/1‑144 (MQ=255) agTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCa > 2:93515/1‑149 (MQ=255) ggtctgcagCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcatcggcgat < 2:186357‑M1/145‑45 (MQ=255) tATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCt > 1:624221/1‑149 (MQ=255) ctGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCTATGATCCTGGAGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAATATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTg < 1:298532/148‑1 (MQ=255) aTGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTg > 2:523000/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCATCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGTAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTgg < 1:500625/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAGAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGt < 1:1353416/149‑1 (MQ=255) cgTTTTCCGGGTGTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGccgccg < 2:971743/149‑1 (MQ=255) gTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCgg < 2:272219/149‑1 (MQ=255) gTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCgg < 2:1137107/149‑1 (MQ=255) 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ttttATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCgg > 1:635745/1‑149 (MQ=255) tATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTAt < 1:523000/149‑1 (MQ=255) gtgGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGc < 2:1258139/149‑1 (MQ=255) gccacgatCCTGGAGCTGTTAACACTGTTCTTCCGCCCGCCGGCCTTTGATACACGCGTATAAATCGTGTTCGCACGCTGGCGTAATATGTTGGACGCTGTTCTGGGCATCGGCTGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCtt < 2:169613/144‑1 (MQ=255) gatgatCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGAAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGACTTCg > 1:587142/1‑149 (MQ=255) 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tttGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAAtt > 1:1101733/1‑149 (MQ=255) ttGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTa > 1:1344604/1‑149 (MQ=255) gATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACAGCAATTAcg > 1:95562/1‑149 (MQ=255) aTTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTAcgc < 1:191305/149‑1 (MQ=255) tATCGCGGAAAAATCTCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGt < 2:911333/149‑1 (MQ=255) 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gAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGGCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTAt < 2:624221/149‑1 (MQ=255) aaaaaTCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTAtc > 2:1375996/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcagacc < 2:186357‑M2/149‑106 (MQ=255) tCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCCGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACGTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCCCCCCGCAAGTTCGCGTGGAGTATCTCGGc > 1:118464/1‑149 (MQ=255) tCGCCGAGGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGTGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGc < 1:225587/149‑1 (MQ=255) cGATGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaccagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcatacactctg > 1:1476846‑M1/1‑5 (MQ=255) cGATGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcatcggcgatttttccgcgagaatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcatacactctg > 1:1174853‑M1/1‑5 (MQ=255) gATGaccagaccggcgtcacacattttacgccagcgtgcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcgccaggatcaacgccacataaaagccggaaaacgacgatgcatacactctgg > 2:1275667‑M1/1‑4 (MQ=255) aTGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcatacactctggg < 2:648902‑M1/149‑147 (MQ=255) aTGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcatacactctggg < 2:716616‑M2/149‑113 (MQ=255) tGaccagaccggcgtcccacattttacgccagcgtgcatcggcgatttttccgcgataatcaaaggccagcgggcggaagaacagtgagcacagcaccaggatcatcgccacataaaagccggaaaacgccgctgcatacactctgggc < 2:807611‑M1/149‑148 (MQ=255) | GTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCT > NC_000913/1039484‑1039779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |