| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 2177479 = | 86 (0.990) | noncoding (72/77 nt) | REP151 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP151 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CTCCCGATAGGGAAGCCGTAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTCCGC > NC_000913/2177332‑2177627 | agcgttcaagaaatcgatggctgacggcgtgaaactgattaacgccgtgcaggacgtttatctcgatagcaaaattactatcgcctgatacgccttatacgaacaacaccaccccgtaggaCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTc > 2:1322566‑M1/122‑149 (MQ=255) tCCCGATAGGGAAGCCGTAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTcc > 2:1253856/1‑149 (MQ=255) gtgcaagaaatcgagggctgacggcgtgaaactgatgaacgccgggcaggacggttatcacgttagtaaaattactaacgcctgatacgccttatacgaacaactccaccccgtaggaCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTa > 2:254332‑M1/119‑149 (MQ=255) 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gTAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGtgttgt < 1:714907/149‑1 (MQ=255) tAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTgttgtt < 1:1163063/149‑1 (MQ=255) tAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGACGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTgttgtt > 2:1541282/1‑149 (MQ=255) aGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTc < 2:1211486/149‑1 (MQ=255) gCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCg < 1:358117/149‑1 (MQ=255) 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GATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTAc > 1:1331495‑M1/1‑149 (MQ=255) gCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTc > 2:868514/1‑149 (MQ=255) cGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGTTTGCGTGTTAAACTTCATGCCCGGGGTT‑ATAAGGTTACCGCCGGACGGCCATCGATTTATTG‑ACGCGTTTAGGTCCaga > 1:1548574/1‑147 (MQ=255) gTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGa > 1:474927/1‑149 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGTCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATc < 2:319223/149‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAg < 1:433033/149‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAg < 1:1253856/149‑1 (MQ=255) gCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGc < 2:1366598/149‑1 (MQ=255) gCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGc > 1:454582/1‑149 (MQ=255) ccTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGcc < 2:425079/149‑1 (MQ=255) cTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGccc > 2:1115229/1‑149 (MQ=255) tccgTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGCCCCAtt > 1:1258919‑M2/5‑149 (MQ=255) cgTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTcc < 2:126695‑M2/147‑1 (MQ=255) tCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTCCGc < 1:116669/149‑1 (MQ=255) | CTCCCGATAGGGAAGCCGTAGCAAAGTGCGCGTGTTTTTATGCCGGATGCGGTGTAAACATACGTGGCAGTGCTATGTAGGCATGATAAGACGCTTCAGCGTCGCATCAGGCATAGGTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGGGGTGGTGTTGTTCGTATAAGGCGTATCAGGCGATAGTAATTTTGCTATCGAGATAAACGTCCTGCACGGCGTTAATCAGTTTCACGCC‑GTCAGCCATCGATTTCTTGAACGC‑TTTACGTCCAAGAATCAGCCCCATTCCGC > NC_000913/2177332‑2177627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |