| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 892,020 | G→T | 6.5% | L18L (CTG→CTT) | rimK → | ribosomal protein S6 modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 892,020 | 0 | G | T | 6.5% | 240.5 / 4.1 | 77 | L18L (CTG→CTT) | rimK | ribosomal protein S6 modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/32); new base T (3/3); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTATTTGCACAAACAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCA > NC_000913/891873‑892165 | ttattTGAACAAACAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGc > 2:1437128/1‑149 (MQ=255) aaaCAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGc > 1:1043864/1‑149 (MQ=255) aaaCAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGc < 2:1075848/149‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGAGGCTGCGTGAAGCCGc > 1:1308499/1‑149 (MQ=255) aaaCAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGGCTGACAGAGAGGAGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGc < 1:185852/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCta > 1:924026/1‑149 (MQ=255) cAGGGTTGGGCGACGCGCTATCCCCGCCACGTCGATGTATGATACGAGGGCGTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGGAGGTTGAAATTTGCCATATTGTCCCGGGATGTATCGCTCTATTCTTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCtat < 1:70724/149‑1 (MQ=255) cAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCtat > 1:276120/1‑149 (MQ=255) ggTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTATAGCGGCTTCACGCAGCCGCttaca < 2:596754/149‑5 (MQ=255) ggCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGcgcg < 2:1268741/149‑1 (MQ=255) cgcgCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGGGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCAc < 1:1015330/149‑1 (MQ=255) aaaaCCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGtt > 2:614256/1‑149 (MQ=255) aCGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCtt < 1:284022/149‑1 (MQ=255) gTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACGAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGa > 1:1283777/1‑149 (MQ=255) cGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATc < 1:416918/149‑1 (MQ=255) cGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTCACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATc < 1:802693/149‑1 (MQ=255) cGAGGTATGATACGCGGGCTGTTGATCAGGTCTGACAGAGTGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATAGTGTCCCGGGAGGGAACGCTCTTTTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATc < 1:983861/149‑1 (MQ=255) aTGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCg > 1:599792/1‑149 (MQ=255) 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gcgGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTa < 2:1595677/149‑1 (MQ=255) gcgGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTa > 2:907694/1‑149 (MQ=255) cTTTTGCCCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGa > 1:1520804/1‑149 (MQ=255) ttttGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTTAAAATTGCCATATTGTCACGGGATGTAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGATGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGaa > 1:777225/1‑149 (MQ=255) ttttGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGaa > 1:48481/1‑149 (MQ=255) ttttGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGaa > 2:196822/1‑149 (MQ=255) ttttGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATAGCCATATTGTCCCGGGATGGAACCCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTTGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGaa > 1:774542/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATaa > 2:1372969/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATaa > 1:729899/1‑149 (MQ=255) aGGTCTTACAGAGAGGTGCAGTGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGATCTATTCGTGTA‑AGCGGCTTAGTGAAGCCTGTATACAGCGCTGTCACATGGTTGAAATTCTTGATCATCTTTCTTGCTACATGAACATAAATc < 2:1285685/149‑1 (MQ=255) 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gagGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGTGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACATCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGtctt < 2:35175/149‑1 (MQ=255) gagGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGtctt < 1:1519611/149‑1 (MQ=255) gagGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGtctt < 1:1387595/149‑1 (MQ=255) gTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTa < 1:1274045/149‑1 (MQ=255) gCATGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCTCGGTCACCTGGTTGAATTTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTAtt < 1:1437128/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTAtt > 1:715159/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTc > 2:1390324/1‑149 (MQ=255) aGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCTGCGTCTTCTATTCa > 2:1006707/1‑149 (MQ=255) gTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTa > 2:509131/1‑149 (MQ=255) gTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTa > 1:311573/1‑149 (MQ=255) gTGAAAATTGCCATATTGTCCAGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTa < 1:1139849/149‑1 (MQ=255) tGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTAc < 2:924026/149‑1 (MQ=255) tGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTAc > 2:933471/1‑149 (MQ=255) tGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTAc > 1:141929/1‑149 (MQ=255) tGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTAc > 2:1002960/1‑149 (MQ=255) aaaaTTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACaa > 2:1242699/1‑149 (MQ=255) aaaTTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACaaa < 2:1283777/149‑1 (MQ=255) aaaTTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACaaa < 1:405810/149‑1 (MQ=255) aaTTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAg < 1:1372969/149‑1 (MQ=255) ttGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGc < 2:599792/149‑1 (MQ=255) 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ggATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCAtt < 2:717660/149‑1 (MQ=255) ggAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGa > 1:673833/1‑149 (MQ=255) gAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGAc > 1:29919/1‑149 (MQ=255) gAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGAc > 1:1088300/1‑149 (MQ=255) aTTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTTAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACACCCGCCGCAAGTTACCCCATTTTGCCGCAGTGATc < 2:276120/149‑1 (MQ=255) 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TTATTTGCACAAACAGGGTTGGGCGACGCGCTAAAACCGCCACGTCGATGTATGATACGCGGGCTTTTGACCAGGTCTGACAGAGAGGTGCAGGGTGAAAATTGCCATATTGTCCCGGGATGGAACGCTCTATTCGTGTA‑AGCGGCTGCGTGAAGCCGCTATACAGCGCGGTCACCTGGTTGAAATTCTTGATCCGCTTTCTTGCTACATGAACATAAATCCTGCGGCGTCTTCTATTCACTACAAAGGCCGCAAGTTACCCCATTTTGACGCAGTGATCCCGCGTATTGGCA > NC_000913/891873‑892165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |