| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 958,678 | G→C | 6.1% | M342I (ATG→ATC) ‡ | serC → | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 958,678 | 0 | G | C | 6.1% | 368.0 / 13.1 | 115 | M342I (ATG→ATC) ‡ | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/55); new base C (2/5); total (54/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGAC > NC_000913/958530‑958825 | cTAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATg > 2:184835/1‑149 (MQ=255) tAACCGTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCCTGCGCTGAAAGGTAACCGTGTGGTCGGCTGAATGCGCGCTTCTATGTATAGCGCCATGc > 1:66785/1‑149 (MQ=255) gTTCGCGGATGAACGTGCCGTTCCAGTTGGCGGACAGTGCGCTTGACAAATTGTTCCTTGAAGAGTCTTTTGCTGCTGGCCTTCATGCACTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTg < 2:542243/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |