| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,226,118 | G→T | 8.1% | intergenic (‑38/‑482) | minC ← / → ycgJ | inhibitor of FtsZ ring polymerization/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,226,118 | 0 | G | T | 8.1% | 343.4 / 13.8 | 118 | intergenic (‑38/‑482) | minC/ycgJ | inhibitor of FtsZ ring polymerization/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/38); new base T (6/4); total (76/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGTCAATCAA > NC_000913/1225973‑1226261 | gATTTGCTCTTCCAGCGCCTGATGGCTAACCTTCGGGTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATACAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCAATTAATCATCGCCAgcgcgc < 2:1516363/149‑1 (MQ=255) aTTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGcgcgcg > 1:948163/1‑149 (MQ=255) ttttGTCTTCCAGCGCCTGATGTATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACAACCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCga > 1:283643/1‑149 (MQ=255) ttGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCgatg > 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tCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTc > 2:534617/1‑149 (MQ=255) aGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGa > 2:1142176/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGaa < 1:81573/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGaa < 2:1540811/149‑1 (MQ=255) gATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTCTATGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACtat > 2:1544359/1‑149 (MQ=255) gATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAgg > 2:479390/1‑149 (MQ=255) gATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAgg > 1:18680/1‑149 (MQ=255) aTAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGATACTGCCTTTAAGCTCGAGTTGCGTGTTTGAGATCCTGGCCTTACTCACTTCGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGc < 2:219798/149‑1 (MQ=255) cTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGtt > 2:261531/1‑149 (MQ=255) cTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGtt > 1:1521751/1‑149 (MQ=255) 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aTGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGATCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATtata > 1:1520004/1‑149 (MQ=255) aGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGa < 1:1165663/149‑1 (MQ=255) aGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGa > 1:1592194/1‑149 (MQ=255) aGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTATAAGCTAGATTGGCGTGATTCACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGTCATGATATAGTCTGGATTATATTGa > 1:831319/1‑149 (MQ=255) gATGAACCTCAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTAGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATAAGCTATTAATCATCGGCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAg < 1:1432992/149‑1 (MQ=255) 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cacaGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTc < 1:59177/149‑1 (MQ=255) caGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCAc > 2:708545/1‑149 (MQ=255) caGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCAc > 1:1474812/1‑149 (MQ=255) aTAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCt > 1:642442/1‑149 (MQ=255) aTAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCGGGCCGTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCt > 2:309958/1‑149 (MQ=255) 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ggaacatcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGCCTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATAcc > 1:1440755/6‑149 (MQ=255) aTTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATAccc > 1:103351/1‑149 (MQ=255) aTTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATAacc > 1:1254687/1‑149 (MQ=255) aacatcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCt > 1:949985/4‑149 (MQ=255) acatcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCtt > 2:1234979/3‑149 (MQ=255) acatcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGATGATTCATAGCTTAAAAAAAACCCtt > 2:861454/3‑149 (MQ=255) atcatcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGt < 2:1247436/149‑1 (MQ=255) tcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAg > 2:1560797/1‑70 (MQ=38) tcatcGCGCGCTGGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAg < 1:1560797/70‑1 (MQ=38) tcatcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtc < 2:18680/149‑1 (MQ=255) tcatcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtc > 2:454852/1‑149 (MQ=255) tcatcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGAC‑ATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtca > 2:1557567/1‑149 (MQ=255) atcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaa > 1:538288/1‑149 (MQ=255) atcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaa > 1:1555164/1‑149 (MQ=255) tcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaat > 1:1420926/1‑149 (MQ=255) tcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaat < 1:261531/149‑1 (MQ=255) tcGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCATTGtcaaa > 2:128960/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtcaatcaa > 1:1549233/1‑149 (MQ=255) ccAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGGTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTGATTCAGAGTAAAAGTGTATTCTGTGATAAATGGCGCGGAGGCATAGCTTAAAAAATACCCTTGtgaatcac > 2:1496466/1‑148 (MQ=255) aGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGgcg < 1:938419/111‑1 (MQ=255) aGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGgcg > 2:938419/1‑111 (MQ=255) | GATTTTGTCTTCCAGCGCCTGATGGATAACCTTAGGTTCTGCCTCATGCAGATGAACCACAGATAAAGTGAAGCTACTGCCTTTAAGCTCGATTGGCGTGTTTGACATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAATACCCTTGTCAATCAA > NC_000913/1225973‑1226261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |