| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,744,294 | T→A | 5.1% | F280I (TTT→ATT) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,744,294 | 0 | T | A | 5.1% | 286.1 / 3.0 | 90 | F280I (TTT→ATT) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/48); new base A (3/2); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGAC > NC_000913/1744146‑1744442 | cGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACt > 1:490636/1‑149 (MQ=255) gATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACtt > 2:145192/1‑149 (MQ=255) gATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACtt < 1:1329074/149‑1 (MQ=255) 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tGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGtg > 2:1313997/1‑148 (MQ=255) ggTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCAc < 2:518931/149‑1 (MQ=255) ggTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCAc < 2:1297241/149‑1 (MQ=255) ttATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa > 2:777685/1‑149 (MQ=255) ttATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGAATGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTa < 1:770305/149‑1 (MQ=255) 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cccTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTATCTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAACCCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCGGTATTGCa > 1:659224/1‑149 (MQ=255) acgAACATTAGTGAACTAAAGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAAc > 1:437134/3‑149 (MQ=255) tGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCTCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAAcc > 2:288433/1‑149 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGGCTGTATGGCAACCCt < 2:427504/149‑1 (MQ=255) tttAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGTAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGAc > 1:943614/1‑149 (MQ=255) | CGATCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGAC > NC_000913/1744146‑1744442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |