| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,770,390 | A→G | 6.8% | noncoding (19/106 nt) | rprA → | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,770,390 | 0 | A | G | 6.8% | 400.0 / 14.0 | 134 | noncoding (19/106 nt) | rprA | sRNA antisense activator for RpoS translation, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (73/51); new base G (4/5); total (77/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACT > NC_000913/1770242‑1770538 | gctCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTg > 2:1101518/1‑149 (MQ=255) tctTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAATGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGAt > 1:207760/1‑149 (MQ=255) tctTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGAt > 1:202840/1‑149 (MQ=255) 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aCGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaat > 1:1509591/1‑149 (MQ=255) ttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataat > 1:1416161/1‑148 (MQ=255) ttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataat < 2:1416161/148‑1 (MQ=255) ttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataat < 2:1409914/148‑1 (MQ=255) ttATAAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCaataat > 1:1409914/1‑148 (MQ=255) ttATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATg < 2:1092396/149‑1 (MQ=255) ataaataaAAATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 2:1235607/149‑1 (MQ=255) ataAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGtt < 2:223831/149‑1 (MQ=255) taAATCAATATGTTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTg > 2:378490/1‑149 (MQ=255) aaTCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATAGCTGTGTGTAGTCTTTGCACATCTCCCACGATGGGC‑TTAATTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTAACTCTATCCAATAATGTTGca > 2:62293/1‑149 (MQ=255) aTCAACATATTGATTTATAAGCATGGAACTCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGcac > 2:446202/1‑149 (MQ=255) tCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGCTTTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGcac < 2:49143/149‑1 (MQ=255) cAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACaa < 1:744411/149‑1 (MQ=255) cAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACaa < 1:7843/149‑1 (MQ=255) atTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACt > 1:1356376/1‑149 (MQ=255) | CTTGCTCTTCCCCATATTTTCCTGCTTACCGCCATTCAGCTGGTAGTACCTGTCGCAAATTCTTTACAGTTTTTAAACTAATGAGACGAATCTGATCGACGCAAAAAGTCCGTATGCCTACTATTAGCTCACGGTTATAAATCAACATATTGATTTATAAGCATGGAAATCCCCTGAGTGAAACAACGAATTGCTGTGTGTAGTCTTTGCCCATCTCCCACGATGGGC‑TTTTTTTTAACATTTTTCCGCTTCGCTACCTCGCCCCTCACTCTTTCCAATAATGTTGCACAAGATACT > NC_000913/1770242‑1770538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |