| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,821,244 | A→T | 5.8% | intergenic (‑30/+55) | chbC ← / ← chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,244 | 0 | A | T | 5.8% | 464.2 / 13.0 | 155 | intergenic (‑30/+55) | chbC/chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIC component of PTS/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/72); new base T (6/3); total (80/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCGAGTCAATTACTTC > NC_000913/1821097‑1821391 | gggTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAATTTaaa < 1:2372/149‑1 (MQ=255) gTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAATTTAAata > 1:102605/1‑149 (MQ=255) gTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTT‑AAAAACCGCAATTTAAata > 2:828023/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |