| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,012,158 | 0 | A | T | 6.0% | 655.8 / 18.3 | 210 | pseudogene (194/312 nt) | yedN | pseudogene, IpaH/YopM family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/108); new base T (7/6); total (96/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CCGAATGGGTGGGTTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACTTTATTTAA > NC_000913/2012011‑2012306 | ccGAATGGGTGGGTTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTaaa < 2:690335/149‑1 (MQ=255) gggtgggtTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAAttt > 1:131701/1‑149 (MQ=255) gggtgggtTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAAttt < 2:1074644/149‑1 (MQ=255) 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tGACAGCATATTAAATAATTTGCTGTTTTCACAATTTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTTACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCATATACTAACTCATTTTGTTTTATCGTAGATTCAGTTTTCGAtg < 2:1415156/149‑1 (MQ=255) gACAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGAtgt < 2:225448/149‑1 (MQ=255) gACAGCAAATTATTTAATATGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGCCAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTGGTTGTATCGTAGATTCAGTATTAGAtgg > 2:1523627/1‑148 (MQ=255) gACAGCAAATTATTTAATATGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACGGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGTtgt > 2:1517549/1‑149 (MQ=255) aCAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGAtgtg > 1:372917/1‑149 (MQ=255) aCAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGAtgtg > 1:605874/1‑149 (MQ=255) cATATTAAATAATTTGCTGTCTTCAATAATTGGTTTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCCTCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACtt < 2:123083/149‑1 (MQ=255) tatTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACttta < 1:1031108/149‑1 (MQ=255) atTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACtttat > 1:955619/1‑149 (MQ=255) ttAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACtttatt > 1:1147433/1‑149 (MQ=255) ttAAATAAATTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACtttatt < 2:131701/149‑1 (MQ=255) aataatTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAATCTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACTTTATTTaa < 2:307195/149‑1 (MQ=255) | CCGAATGGGTGGGTTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACTTTATTTAA > NC_000913/2012011‑2012306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |