Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,012,164 | 0 | T | A | 6.1% | 641.7 / 22.8 | 215 | pseudogene (188/312 nt) | yedN | pseudogene, IpaH/YopM family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/111); new base A (7/6); total (98/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.12e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TGGGTGGGTTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAATTTGCTGTCTTCACTAATTGGTGTAAACTTACCATTTCCAAGACAACTGACTAACTCACTTGATAATTCATTTATGATTGCATCATCAGATACTAACTCATGTTGTTTTATCGTAGATTCAGTATTAGATGTGACTTTATTTAATTGAAC > NC_000913/2012016‑2012312 | tgggtgggTTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAAtt < 2:740781/149‑1 (MQ=255) ttgtgggtTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATTATAAAACCTATCTTATTATAAATCGATAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAAttt < 1:1249956/147‑1 (MQ=255) gggtgggtTACCAGTTCCCTGATTTTTTCTATCATGATAAAACCTATCTTATTATAAATCGAGAAATCTTGAAACCAGAGACTATAATCACCCCATTCGAAATATTCTGAGTGCAATAACTTAAATTCTGACAGCATATTAAATAAttt < 2:1074644/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |