Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 397,277 | C→G | 5.7% | I213M (ATC→ATG) | sbmA → | peptide antibiotic transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 397,277 | 0 | C | G | 5.7% | 341.3 / 7.8 | 101 | I213M (ATC→ATG) | sbmA | peptide antibiotic transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/52); new base G (3/3); total (46/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGG > NC_000913/397133‑397423 | cTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGa < 2:584782/149‑1 (MQ=255) gCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGt < 2:1441704/149‑1 (MQ=255) tACAGCGATGAACGAAAAATACATGGCTAACTGGCAACAACTGCTTCATATCGAAGGGGCCGATCAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTGCAACGCTGGAGAATATGGTCGTCAGTTTTATCAACGTCATGATGGCTTTGa < 2:44042/149‑1 (MQ=255) cAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATc > 2:1200173/1‑149 (MQ=255) cAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATc < 2:447359/149‑1 (MQ=255) cGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGATGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCACCGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCCTGACGTTGATCGcc > 1:87989/1‑149 (MQ=255) cGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGTCATGATGGCGTTGAtaaaa < 2:143656/149‑5 (MQ=255) gATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGTCATGATGGCGTTGAtaaaac < 2:1536049/149‑6 (MQ=255) tGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTc < 1:283730/149‑1 (MQ=255) tGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTc > 2:1496894/1‑149 (MQ=255) tGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTc < 2:504081/149‑1 (MQ=255) aCGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGCAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTg > 2:877514/1‑149 (MQ=255) cGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATAGCCTTCCTGc > 1:1526982/1‑149 (MQ=255) gAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGcc > 2:820787/1‑149 (MQ=255) 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atCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCt > 1:139328/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTg > 2:673268/1‑149 (MQ=255) aaGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCg > 2:144702/1‑149 (MQ=255) aGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGa < 1:909573/149‑1 (MQ=255) aGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGa < 2:1107887/149‑1 (MQ=255) 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1:222787/115‑1 (MQ=255) aCGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGt > 2:222787/1‑115 (MQ=255) aCGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTg > 2:654877/1‑149 (MQ=255) aCGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGACGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTg > 2:1331085/1‑149 (MQ=255) atcatGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAgg > 2:1593006/1‑149 (MQ=255) | CTGGCGTACAGCGATGAACGAATATTACATGGCGAACTGGCAACAACTGCGTCATATCGAAGGGGCCGCACAGCGTGTGCAGGAAGACACCATGCGTTTTGCTTCAACGCTGGAGAATATGGGCGTCAGTTTTATCAACGCCATCATGACGTTGATCGCCTTCCTGCCGGTGCTGGTAACGCTCTCCGCGCATGTGCCGGAGCTGCCGATTATCGGGCACATTCCGTATGGTCTGGTGATTGCCGCAATCGTCTGGTCGCTGATGGGGACCGGATTGCTGGCAGTGGTAGG > NC_000913/397133‑397423 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |