| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,907,726 | T→G | 5.6% | Q214P (CAG→CCG) | pstB ← | phosphate ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,907,726 | 0 | T | G | 5.6% | 316.7 / 5.2 | 101 | Q214P (CAG→CCG) | pstB | phosphate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/42); new base G (3/3); total (56/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGCGATACCACGCG > NC_000913/3907579‑3907873 | aaCGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCctg > 2:1505296/1‑149 (MQ=255)aaCGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGGGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGGACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCctg < 2:259204/149‑1 (MQ=255) aCGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCctgc < 2:668009/149‑1 (MQ=255) 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acccacaacaTGCAGCAGGCTGCGCGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGa > 1:439349/5‑149 (MQ=255) ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCCCTTCCGGGCGaa > 2:1000739/1‑149 (MQ=255) ggAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGaa > 2:1549336/1‑149 (MQ=255) gAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAAt < 1:893314/149‑1 (MQ=255) gAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCATCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAAt > 1:205061/1‑149 (MQ=255) aacaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATg > 1:904438/1‑149 (MQ=255) acaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACTCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATgg > 2:169550/1‑149 (MQ=255) acaacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATgg < 2:1288377/149‑1 (MQ=255) aacGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGCg > 1:1264290/1‑149 (MQ=255) ctgctgCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGTGATACCAcgcg < 2:1014298/149‑1 (MQ=255) tgctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGCGa < 2:289062/139‑1 (MQ=255) tgctgcATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGCGa > 1:289062/1‑139 (MQ=255) | AACGCACTCCTGAATCAACCGTAACGACCGGTGATGTAGTCTTCTGTTTGTTTCTTCGCTGGCTTGGTGAACAGATCGTCCGTGTTGCTGAACTCAATCAATTCGCCCAGGTACATAAACGCCGTGTGGTCGGAACAACGCGCAGCCTGCTGCATGTTGTGGGTGACGATCACCACGGTGTAATCCTGCTTCAGTTCGGTGATCAGCTCTTCAATACGCCCGGTAGAGATAGGGTCGAGCGCCGAACACGGTTCGTCGAGCAGCAGCACTTCCGGGCGAATGGCGATACCACGCG > NC_000913/3907579‑3907873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |