| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,989,188 | A→T | 5.5% | V214D (GTC→GAC) | hemD ← | uroporphyrinogen III synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,989,188 | 0 | A | T | 5.5% | 306.2 / 5.3 | 102 | V214D (GTC→GAC) | hemD | uroporphyrinogen III synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/55); new base T (3/3); total (44/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGCGGAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTA > NC_000913/3989040‑3989336 | ggcggAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTga > 1:1323243/1‑149 (MQ=255) cggAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCGGTTATGAGAGATATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTgacg < 1:73910/149‑1 (MQ=255) ggAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATT‑TGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTgacgac < 2:976509/149‑1 (MQ=255) gAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTgacgac < 1:1498682/149‑1 (MQ=255) gTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCaa > 2:441837/1‑149 (MQ=255) gTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTAGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCaa > 2:918142/1‑149 (MQ=255) tttttCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATa < 1:1511009/149‑1 (MQ=255) cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGa < 2:1309230/149‑1 (MQ=255) 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cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgta > 2:1214909/1‑149 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgta < 2:1259558/149‑1 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAAATGTCGACAgtgtt > 2:1486257/1‑148 (MQ=255) ttATGGCTTCCTGTTATGTGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAAc < 2:1227188/149‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAAc < 1:606852/149‑1 (MQ=255) 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2:1423103/1‑149 (MQ=255) | GGCGGAGGTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTA > NC_000913/3989040‑3989336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |