| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,989,193 | C→T | 5.7% | L212L (TTG→TTA) ‡ | hemD ← | uroporphyrinogen III synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,989,193 | 0 | C | T | 5.7% | 333.9 / 6.4 | 106 | L212L (TTG→TTA) ‡ | hemD | uroporphyrinogen III synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/56); new base T (3/3); total (46/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAA > NC_000913/3989047‑3989337 | gTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCaa > 2:441837/1‑149 (MQ=255)gTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTAGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCaa > 2:918142/1‑149 (MQ=255) cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGa < 2:1309230/149‑1 (MQ=255) ttGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCAGCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGAc < 1:1551473/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGTGTTTTTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCTGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCTCCAAACGCTCACTGTCGACTATTGGTCGTCa < 1:733222/149‑1 (MQ=255) gTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAg > 1:1215548/1‑149 (MQ=255) ttCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGTCGACTATTGGTCGTCAgt < 1:1534578/149‑1 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCTGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGAGCAATAGTCGACAGTgta > 2:161543/1‑149 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgta > 2:1214909/1‑149 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTgta < 2:1259558/149‑1 (MQ=255) cGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAAATGTCGACAgtgtt > 2:1486257/1‑148 (MQ=255) gTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTATTGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTTCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGTCGTCTATTGGTCGTCAgtgagc < 2:607151/149‑4 (MQ=255) ttATGGCTTCCTGTTATGTGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAAc < 2:1227188/149‑1 (MQ=255) ttATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAAc < 2:1541594/149‑1 (MQ=255) 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gttactacACTGTCGACTATTGGTCGTCAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACCACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCttcttc > 1:419968/8‑149 (MQ=255) aCGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTg < 2:585555/149‑1 (MQ=255) gCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCa < 1:1254297/149‑1 (MQ=255) gCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGATGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCa < 1:33405/149‑1 (MQ=255) tacACTGTCGACTATTGGTCGTCAGAGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGAACATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCAc > 1:1013320/3‑149 (MQ=255) cTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCAc > 2:1529940/1‑149 (MQ=255) cACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCa < 1:1214909/149‑1 (MQ=255) cACTGACGACAAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCa < 1:161543/149‑1 (MQ=255) aCTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCa > 2:250074/1‑110 (MQ=255) aCTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCa < 1:250074/110‑1 (MQ=255) cTGTCGACTATTGGTCGTCAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACAGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATc > 1:1579099/1‑149 (MQ=255) tGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCg > 1:613459/1‑149 (MQ=255) acgacCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTa > 2:1182186/1‑149 (MQ=255) acgacCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATAGCTTCTTCTGCACCATCGTa > 2:1423103/1‑149 (MQ=255) cgacCATTAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCTCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTaa < 1:1411216/149‑1 (MQ=255) cgacCAATAGTCGACTGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTaa < 1:791453/149‑1 (MQ=255) | GTTTTTTCTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAA > NC_000913/3989047‑3989337 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |