| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,989,202 | A→T | 5.6% | C209* (TGT→TGA) | hemD ← | uroporphyrinogen III synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,989,202 | 0 | A | T | 5.6% | 319.4 / 5.1 | 103 | C209* (TGT→TGA) | hemD | uroporphyrinogen III synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/56); new base T (3/3); total (44/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAATGGATTGCGCAT > NC_000913/3989054‑3989349 | cTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGa < 2:1309230/149‑1 (MQ=255) ttGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCAGCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGAc < 1:1551473/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGTGTTTTTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCTGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCTCCAAACGCTCACTGTCGACTATTGGTCGTCa < 1:733222/149‑1 (MQ=255) 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CTTGTTCCGTCATTATGGCTTCCTGTTATGAGAGTTATTGTAATGCCCGTAAAAGCGCATCGTTGTCAGCGTTATCGGCGACCTTAATGTCTTGCCAGCCCAGTTCCCGGGCGAGTTTCGCCAAACGCTCACTGACGACCAATAGTCGACAGTGTAGTAACCAGTGCTCACGATACCATTGTGGGATCAGCGACCAGAGTTGCTGCAACATTTCACCGCTGGTAACAACGACCATCGTCACCTCGCGGGCTTGCCAGCGCATCGCTTCTTCTGCACCATCGTAATGGATTGCGCAT > NC_000913/3989054‑3989349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |