| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 446,786 | C→T | 8.3% | intergenic (‑120/+29) | yajR ← / ← cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 446,786 | 0 | C | T | 8.3% | 245.7 / 9.8 | 84 | intergenic (‑120/+29) | yajR/cyoE | putative transporter/protoheme IX farnesyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/39); new base T (4/3); total (42/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
TCACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCT > NC_000913/446638‑446934 | tcACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGcc > 1:499562/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGt > 1:914630/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTa > 2:941812/1‑149 (MQ=255) cTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAg > 1:1179397/1‑149 (MQ=255) tGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGc > 1:1458214/1‑149 (MQ=255) gTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTCTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGTTGCCGTAGCACCt > 1:713152/1‑149 (MQ=255) tCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCtt < 1:1037877/149‑1 (MQ=255) tCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCtt > 2:2576/1‑149 (MQ=255) cATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCttt > 1:1355938/1‑149 (MQ=255) aaTTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCTACGGCACCttt < 2:716774/148‑1 (MQ=255) ttttATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCttttt > 2:792673/1‑149 (MQ=255) tttATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCTGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGTGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAATGTGCCGTAGCAACTTTTTa > 1:1222235/1‑149 (MQ=255) ataATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATa < 2:1305291/149‑1 (MQ=255) taATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATag < 2:1199303/149‑1 (MQ=255) aaaTCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCTACGGCACCttttttctta < 1:1067682/148‑6 (MQ=255) aTCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACC‑TTTTAATagaga < 1:707004/149‑1 (MQ=255) cGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATagagag < 2:625560/149‑1 (MQ=255) ttCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGt > 1:1485374/1‑149 (MQ=255) ttACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTg > 1:1537515/1‑149 (MQ=255) ccaccTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTa > 1:1568297/1‑149 (MQ=255) caccTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCTACGGCACCttttttc > 1:1126018/1‑130 (MQ=255) caccTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCTACGGCACCttttttc < 2:1126018/132‑3 (MQ=255) caccTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTAc < 2:1196901/149‑1 (MQ=255) aaactctGTTTTAAATTCGAGACTAGTGTAAAGCGTCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTATAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTAc 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aTTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACAcagcagccag > 1:979752/1‑149 (MQ=255) aTTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACAcagcagccag > 1:985041/1‑149 (MQ=255) tCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGTGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACAcagcagccagca < 2:1510734/149‑1 (MQ=255) gcgACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACAcagcagccagcagc > 1:1048569/1‑149 (MQ=255) aCTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTa < 1:898888/149‑1 (MQ=255) aGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGc < 2:1537515/149‑1 (MQ=255) tgtAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGcta > 1:1097370/1‑147 (MQ=255) tgtAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGa < 2:1355938/149‑1 (MQ=255) tAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGt > 2:44605/1‑149 (MQ=255) aaGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTAGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCTTAGCACATTTTTAATAGAGAGGTTTTTTTAACACACATCAGCCAGCAGCGTATGCTAGTcc > 1:1009638/1‑149 (MQ=255) ggCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAAAGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTa < 2:892440/149‑1 (MQ=255) aaaCGAATTGGGTAAACCTGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCa < 2:856139/149‑1 (MQ=255) aaaCGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCa < 1:1219627/149‑1 (MQ=255) aaTGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTCTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATaaaa < 2:914630/149‑1 (MQ=255) tGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGATGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATc < 2:715499/149‑1 (MQ=255) ggTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAAc < 1:863523/149‑1 (MQ=255) gTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACg > 1:490225/1‑149 (MQ=255) gTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACg > 1:415478/1‑149 (MQ=255) cATGCTGATTTTTTAGTATATATTTCGAGAGTGATATGTTTCTAATGCTAATAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGACTGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGAcat < 1:1316073/149‑1 (MQ=255) aTGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGAcatc > 1:456657/1‑149 (MQ=255) gCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGAcatcat < 2:1458214/149‑1 (MQ=255) ggATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACAtcatca > 1:1065358/1‑149 (MQ=255) tttAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCgaga < 1:419313/149‑1 (MQ=255) aGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAggg > 2:249698/1‑149 (MQ=255) tAAATATTTCGAGAGTGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCa < 2:635732/149‑1 (MQ=255) 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tatTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGa < 2:533765/149‑1 (MQ=255) atTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGAt > 1:1466865/1‑149 (MQ=255) atTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGAt > 1:1472849/1‑149 (MQ=255) gagaGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCga < 2:118174/149‑1 (MQ=255) gagaGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCga < 1:941812/149‑1 (MQ=255) 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gCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACAAAGCAGCCACCAGCGTATGCGAGCCCGGTCCCATAAAATCAACCGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGAtt < 1:1209522/149‑1 (MQ=255) cGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCt < 2:1048569/149‑1 (MQ=255) cGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATGCt < 2:713152/149‑1 (MQ=255) | TCACCTGGCGTCATTTTATAATCGTTCATTACCACCTCTGTTTTAAATTCGCGACTAGTGTAAAGCGGCAAACGAATGGGGTAAACATGCGGATTTTTTAGTAAATATTTCGAGAGGGATATGTTTCTAATGCTAAGAAAAAAGGTGCCGTAGCACCTTTTTAATAGAGAGGTTTTGTTACCACACAGCAGCCAGCAGCGTATGCGAGTCCGGTACCATAAAATCAACGGACATCATCACCGAGAGGGCAGTGATGGCGATGATAGAGAAGCCGAACAGCTTGCGCGCCCAGATTCT > NC_000913/446638‑446934 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |