| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,092,795 | T→G | 9.2% | D10A (GAC→GCC) | frvA ← | putative enzyme IIA component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,092,795 | 0 | T | G | 9.2% | 303.3 / 14.7 | 103 | D10A (GAC→GCC) | frvA | putative enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/42); new base G (7/3); total (58/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAA‑‑ATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGG > NC_000913/4092647‑4092942 | acCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGt > 1:1536721/1‑149 (MQ=255) cGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTGCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCa > 2:970571/1‑149 (MQ=255) ggAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCaa < 1:938572/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |