| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 558,385 | T→G | 5.9% | R58R (CGT→CGG) | sfmA → | FimA homolog, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 558,385 | 0 | T | G | 5.9% | 375.3 / 9.7 | 118 | R58R (CGT→CGG) | sfmA | FimA homolog, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/57); new base G (5/2); total (59/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTG > NC_000913/558237‑558533 | cgcTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGt > 2:1386431/1‑149 (MQ=255) gctggctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTa > 1:1169824/1‑149 (MQ=255) ctggctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTAc < 2:423138/149‑1 (MQ=255) ctggctgCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTAc < 1:996518/149‑1 (MQ=255) gCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATAtttt > 1:840503/1‑149 (MQ=255) gCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATAtttt < 2:77756/149‑1 (MQ=255) gCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGGTACGATAttga < 1:1560763/149‑3 (MQ=255) aCTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCa < 1:1378824/149‑1 (MQ=255) 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ttgaaaaTATCGGTACGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAAt > 2:884440/6‑148 (MQ=255) ttgaaaaTATCGGTACGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAAt < 1:884440/143‑1 (MQ=255) gaaaaTATCGGTACGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTa > 2:157088/4‑149 (MQ=255) gTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTa > 2:620461/1‑149 (MQ=255) gTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTa > 1:391763/1‑149 (MQ=255) 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CGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTGACTCGGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTG > NC_000913/558237‑558533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |