| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 4497952 | 400 (1.130) | 4 (0.010) | 3/260 | NT | 1.0% | intergenic (+12/‑320) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA |
| ? | NC_000913 | = 4497954 | 391 (1.180) | intergenic (+14/‑318) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology;IS, phage, Tn; Phage‑related functions and prophages; KpLE2 phage‑like element; P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
TATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCT > NC_000913/4497806‑4498103 | tCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAtgccc > 2:2115906‑M2/1‑145 (MQ=255) cATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAtgcccgg < 1:4997922‑M2/150‑8 (MQ=255) aTAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAtgcccggg < 2:3835957‑M2/150‑9 (MQ=255) tAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAtgcccggga < 1:2898859‑M2/150‑10 (MQ=255) tAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAtgcccggga < 1:4903041‑M2/150‑10 (MQ=255) aaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAat > 1:5359154/1‑150 (MQ=255) aaGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTATGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGAATAATAATCCATAAAAACATAAATCATCCCGCGCAAATGCCCGGGAat > 1:4302223/1‑150 (MQ=255) aGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAGGCCCGGGAatt < 1:7984/150‑1 (MQ=255) gCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAatta < 2:2653291/150‑1 (MQ=255) gagCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAattatta > 1:4445471/1‑149 (MQ=255) agCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCt > 1:4019002/1‑150 (MQ=255) gCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa < 2:2257833/150‑1 (MQ=255) gCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTa < 1:2814151/150‑1 (MQ=255) cATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAAGGCCCGGGAATTATTCTAg < 1:4270463/150‑1 (MQ=255) tCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGa > 2:3579980/1‑150 (MQ=255) tGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatt > 1:4549573/1‑150 (MQ=255) ggAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGatta < 1:5662587/150‑1 (MQ=255) gaagaaCGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGattat > 1:1708493/1‑150 (MQ=255) 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ggCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTATAGGATtattttattt > 1:1625574/1‑150 (MQ=255) tGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaa < 1:5600755/150‑1 (MQ=255) tGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTTGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTaaaaaa < 2:5923747/150‑1 (MQ=255) tACAGTGGTGGGCCGATTTTCAGGATGTAAACAGAGAAACGATTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGAATAATAATCCATAAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTACTTTGTTAAAAAAGAc < 2:1052728/150‑1 (MQ=255) gtggtgGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATAATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAAc > 1:4721912/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |