| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,392,157 | A→T | 5.5% | intergenic (‑129/+301) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,392,157 | 0 | A | T | 5.5% | 1216.7 / 13.5 | 428 | intergenic (‑129/+301) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (230/153); new base T (2/33); total (233/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.94e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTT > NC_000913/3392008‑3392306 | cTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 2:3850752/150‑1 (MQ=255) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATGCGACGCTGTGCGTCTTATCAgg < 1:2898900/150‑1 (MQ=38) tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATGCGACGCTGTGCGTCTTATCAGGc < 2:4297933/150‑1 (MQ=37) 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tCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAATACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcg > 1:1855682/1‑150 (MQ=255) ttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGACTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaa > 1:3703360/1‑150 (MQ=255) gCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGATAAGTTCCGGTTTGTAGGACTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAAc > 1:5166026/1‑150 (MQ=255) aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:1352554/150‑1 (MQ=255) aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:4099070/150‑1 (MQ=255) tCGTTAGTTGCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGATCCGGTTAGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:5969524/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:4761766/1‑150 (MQ=255) tCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCGATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:2917584/150‑1 (MQ=255) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:2747728/1‑150 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc > 1:771636/1‑150 (MQ=255) 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taCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc > 1:1791583/1‑150 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:5218688/1‑150 (MQ=255) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:3415739/1‑150 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:1009364/1‑150 (MQ=255) ctgttgagGATTTTTTCCGGCTGCGGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGTTTATGTTCCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:3964363/145‑1 (MQ=17) ccgTAGTGGTTTTTTTCGGGCTGCGGGTTGGGGGGTGAAGGCCCTATCCCGCCTAGGGTTCTGTTCCGGTTTGTCGGCCTGATACGACGCCCCGGGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:3202407/148‑1 (MQ=17) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAATCGCCTTATCCGACCTACggg > 1:4242624/1‑149 (MQ=255) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTCAACGCCTTAGCCGACCTACGGt > 1:5782703/1‑150 (MQ=255) agagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:3267201/150‑1 (MQ=255) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTCTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAAAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGTCGGAGGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGGTATGTTc > 1:2040225/1‑150 (MQ=17) 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tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTCTCCGACCTACGGTGATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGCCGGCTGCGGCGGCAACGccggc > 2:4195126/1‑147 (MQ=11) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 1:2590261/1‑150 (MQ=37) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 2:1052361/1‑150 (MQ=37) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTa > 2:5632450/1‑150 (MQ=37) gATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACGGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:5532550/1‑150 (MQ=37) 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ACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTT > NC_000913/3392008‑3392306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |