| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,987,104 | T→A | 5.2% | intergenic (+28/‑432) | yqeG → / → yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,987,104 | 0 | T | A | 5.2% | 1134.9 / 31.1 | 314 | intergenic (+28/‑432) | yqeG/yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (160/136); new base A (12/5); total (173/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTA > NC_000913/2986955‑2987253 | tcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTACTGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAtt > 1:1211932/1‑150 (MQ=255) catGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAttt > 1:3696494/1‑150 (MQ=255) catGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAttt < 2:1150763/150‑1 (MQ=255) atGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAtttt > 2:2432038/1‑150 (MQ=255) atGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAtttt < 2:1384170/150‑1 (MQ=255) atGCCTACGCTGTCAAAGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAAtttt > 2:1031557/1‑150 (MQ=255) tGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTg < 2:2692599/150‑1 (MQ=255) ccTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGaa < 1:5333812/150‑1 (MQ=255) ccTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCGGATCGTGGGTATCCTGTGCGTCTCGGGAATGTTCGTTAGCGAAGAGCCGGTGTGGATGGGTCAAAATTGCTACAATTTTGaa > 1:2198270/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTTAAc > 1:1154155/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAc > 1:3992072/1‑150 (MQ=255) cGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAccat < 2:3404455/150‑1 (MQ=255) cTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAccattc < 2:2907895/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |