| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,610 | 0 | C | G | 5.7% | 903.3 / 39.3 | 263 | intergenic (+65/‑334) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (160/87); new base G (4/11); total (165/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTT > NC_000913/3239463‑3239759 | gtggtgTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 2:222002/1‑150 (MQ=255) gtggtgTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 2:219535/1‑150 (MQ=255) gtggtgTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg < 1:2755985/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |