| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,464,224 | 0 | T | C | 5.1% | 1091.8 / 30.0 | 316 | intergenic (+154/+28) | yfdF/mlaA | uncharacterized protein/ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, OM lipoprotein component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (160/139); new base C (3/13); total (164/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TTTTTCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTTTTTATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTCGCGCACC > NC_000913/2464076‑2464372 | tttttCCAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGttt > 1:350619/1‑150 (MQ=255) ttttCCAGTTTTTTTATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTAAGTGACGAACATCAGTATTTTTAAATAATTAAGTCTAGGTCATTTTCGGTTTATCTCCATTTAATTTTTGTAATTGAGGGATAACAAAAAAAAATGTTATtttt > 1:618232/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTTTTGATTTTTCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGa < 2:1823192/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |