| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,998,332 | 0 | T | A | 6.1% | 979.8 / 7.4 | 331 | pseudogene (497/1137 nt) | ygeQ | pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (127/168); new base A (28/3); total (160/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
AAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTCTTCCTGCACATCTGCCATCACGGGGGAGTTGCTGTCAAATCGGATATGCACAGCATTCATTTGCACGGGAATTCCATCCAGTCGTTTTGGGTTGCTAATGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATAGTGGGTTTCT > NC_000913/2998183‑2998481 | gCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTCTTCCTGCACATCTGCCATCACGGGGGAGTTGCTGTCAAATCGGATATGCACAGCATTCATTTGCACGGGAATTCCATCCAGTCGTTTTGGGTTGCTAATGACGTCCTGc < 2:7132091/150‑1 (MQ=255) gCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTCTTCCTGCACATCTGCCATCACGGGGGAGTTGCTGTCAAATCGGATATGCACAGCATTCATTTGCACGGGAATTCCATCCAGTCGTTTTGGGTTGCTAATGACGTCCTGc < 1:2757448/150‑1 (MQ=255) catcatTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTCTTCCTGCACATCTGCCATCACGGGGGAGTTGCTGTCAAATCGGATATGCACAGCATTCATTTGCACGGGAATTCCATCCAGTCGTTTTTGGTTGCTCATTACGTACAGCa > 1:6164933/1‑150 (MQ=255) 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tAATGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGcatcat > 2:2329992/1‑150 (MQ=255) aaTGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATa < 1:3314621/150‑1 (MQ=255) aaTGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATa < 1:445/150‑1 (MQ=255) aaTGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATa < 2:4131048/150‑1 (MQ=255) tGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATAGt < 2:5009791/150‑1 (MQ=255) 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tCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATAGTGGGtt > 2:6760158/1‑150 (MQ=255) cTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATAGTGGGTTTc < 2:1804058/150‑1 (MQ=255) | AAGCATCATTTTGTTTATGGTTCCACAGCTGCGGCTTGCCTTCTTCCTGCACATCTGCCATCACGGGGGAGTTGCTGTCAAATCGGATATGCACAGCATTCATTTGCACGGGAATTCCATCCAGTCGTTTTGGGTTGCTAATGACGTCCTGCATCCGCTTAATCTGGTCGGGCGTAGACATATAATCCCACAGGGTGAGCAGAACCTTTTTTGCGGCTACACTATTTCCCTGATCTGATACTAATGCCATATAGCCCCATAAACTATCCCTCAACCAGACAGCATCATAGTGGGTTTCT > NC_000913/2998183‑2998481 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |