| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,263,518 | T→A | 9.5% | N48I (AAT→ATT) | tdcD ← | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,263,518 | 0 | T | A | 9.5% | 1156.5 / 15.7 | 393 | N48I (AAT→ATT) | tdcD | propionate kinase/acetate kinase C, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/216); new base A (47/2); total (174/219) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
CGGACTCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACGGATAAGAATGCATTTTCCGAGTTAATACCGTCGGCAATACCTGACATTAATACTTCACAGTCGCTGGCATCGAGCACGGAAAACTTAATCGAAGACGAACCACAGTTAATAACCAAAACAACCGGAAATTCATTCATCTCTTTT > NC_000913/3263369‑3263667 | tCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACg < 1:1264260/150‑1 (MQ=255) tCGGTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACg < 1:1425946/150‑1 (MQ=255) ggTAAAAATACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACGGa < 2:6778086/150‑1 (MQ=255) 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aTACTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACGGATAAGAAt < 1:5850840/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGCCGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCATTTACGGATAAGAATGc < 2:376334/150‑1 (MQ=255) gccgccGTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGTGCCCGCGGGGCTGGCGGGCCCCCAATTACGGCTAAGAAAGCAtt > 1:5504402/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGTGCCAGCGGTGCTGGCTCTCCCCCCGTTACGGATAAGAATGCAatt > 1:4167255/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGAGCGATGCGGTGGCCAATTAAGGCCACACTGTCATTTAAATTCCGTTTTTCCAGTTCAAATGCAATTGCCTTCAATGCACCTTCGTAGCTGTGGTGAGCCAGCCCTGCTTGCTCTCCCCCCTTTACGGATAATAAAGCAttt > 2:5671591/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |