Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,470,109 | 0 | A | G | 5.5% | 1389.3 / 46.3 | 417 | intergenic (‑256/+36) | chiA/tufA | periplasmic endochitinase/translation elongation factor EF‑Tu 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (202/190); new base G (8/15); total (211/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.87e-01 |
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
AGAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTA‑ACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATTTT > NC_000913/3469960‑3470258 | aGAAAAAAGCCTGACACATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGaa < 1:6316270/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAgcgc < 2:841069/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAgcgc < 1:5575902/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |