| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4545987 = | 121 (0.980) | 3 (0.030) | 3/260 | NT | 2.5% | coding (892/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| ? | NC_000913 | 4546081 = | 117 (1.010) | coding (986/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGCTTTTGCAACGTGAAGGGCATACTCGTTATTCCATTA > NC_000913/4545932‑4546230 | gttacctgcaagtcaccactcttacctgcggcatagatatcgttgatggtaaaagGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGcc > 2:1772589‑M1/56‑150 (MQ=255) cgcACAATTGGCCTCAGAAGACAATATGATACCCGATAGTCAAAGAGGAATTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCttt < 1:418568/150‑1 (MQ=255) gcACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCtttt < 1:328657/150‑1 (MQ=255) gcACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCtttt < 1:1861566/150‑1 (MQ=255) cacaATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTa < 1:659552/150‑1 (MQ=255) aaaTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTAcc < 2:923496/149‑1 (MQ=255) aTTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGGGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCAt < 2:1689193/150‑1 (MQ=255) ttGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTTGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATc < 2:455125/150‑1 (MQ=255) ttGGCCTCAGATGACAATATGTTACCAGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATc < 2:1496532/150‑1 (MQ=255) gCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTTCCCCTGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAAc < 1:201144/150‑1 (MQ=255) ccTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACg > 1:1448700/1‑150 (MQ=255) aGATCACAATATGTTACCCGATAGTAAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTAGTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGatat < 1:323364/150‑1 (MQ=255) gATGACAATATGTTACGCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGGGATCCACGGTTTTGCTCGTGGTACTGCACAGGGCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATc < 2:1896357/150‑1 (MQ=255) gATGACAATATGTTACCCGATAGTCAACGAGGAATTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATc < 1:1911804/150‑1 (MQ=255) tGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTa > 1:775859/1‑150 (MQ=255) aCAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATg < 1:1547375/150‑1 (MQ=255) atGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCa < 2:1213350/150‑1 (MQ=255) atGTTACCCGATAGGCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCa < 2:1460466/150‑1 (MQ=255) gTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGTTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAgg < 1:1907161/150‑1 (MQ=255) gTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAgg < 2:281291/150‑1 (MQ=255) tACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATGATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGtt > 2:2032761/1‑149 (MQ=255) aCCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTaa < 1:1987729/150‑1 (MQ=255) cccGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAAt > 2:1028919/1‑150 (MQ=255) cGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAg < 1:639894/150‑1 (MQ=255) tattaaaaGACGTTTTGGTCCGGTGTTCCAGGGTAATGCTCGTTTTACTGCACAGGGCAATATTAAACAAATACGGTATGTCATTTATAATATTACGGTGCCTCCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCCCAGGTAATAgtgg < 1:1009134/145‑1 (MQ=255) tAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAgtgg < 1:1159901/150‑1 (MQ=255) gTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAgtggtg > 2:1752491/1‑150 (MQ=255) tCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTACACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAgtggtgc > 1:213338/1‑149 (MQ=255) cAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGAc > 1:476631/1‑150 (MQ=255) aaGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGTCtt > 1:1801041/1‑150 (MQ=255) gagGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACAGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATTACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGc < 1:1839201/150‑1 (MQ=255) agGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCa < 2:569544/150‑1 (MQ=255) tGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAAc < 2:1071219/150‑1 (MQ=255) ggccccggtggcaccgtactattataaatgtcatacccattttgtttaatagtgacctgtgcagtaccacgagcaataccgtggatcaccggggcCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAAGAGTGGTGACTTGCAGGTAAc > 2:1772589‑M2/96‑150 (MQ=255) GCCCCGGTGATCCTCGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGTTATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACg > 1:473177‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGa < 1:1364703‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGGTGATCCACTGTATTGCTCGTTGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGTGTATGACATTTATAATAGTAAGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGAt > 2:46064‑M1/1‑150 (MQ=255) CCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATc < 2:1856898‑M1/150‑1 (MQ=255) 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tATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACgg < 1:540630/150‑1 (MQ=255) gCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGgcagc > 2:919413/1‑150 (MQ=255) gCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGgcagc < 1:1454560/150‑1 (MQ=255) cGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACg > 1:1482144/1‑150 (MQ=255) tGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCa < 1:1498124/150‑1 (MQ=255) 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ggTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGTGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGTTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGc < 2:1506948/150‑1 (MQ=255) ggTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGc < 1:2042445/150‑1 (MQ=255) taCATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATTTCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGCTTTTg < 1:2079894/149‑1 (MQ=255) cATTTATAATAGTACGGTGCCACCGTGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGCTTTTGCa < 2:1600548/150‑1 (MQ=255) cATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCGTACCCTATTCGTCAGTCCCGCTTTTGCa > 1:1674871/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |