| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 394,473 | 0 | G | T | 5.0% | 381.7 / 5.9 | 134 | intergenic (+55/‑33) | yaiT/yaiV | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein/putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/65); new base T (6/2); total (67/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATG > NC_000913/394325‑394620 | gAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACGTCGGTGTTGGTGACGTATATCAAGACTGGTACGCGAACGTGTGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGa < 2:845567/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTg < 2:1858399/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTg > 1:1356577/1‑150 (MQ=255) 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gCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATATTGAAAAGCAAGTTATATTTTc > 2:1382007/1‑150 (MQ=255) gCCCGTCAAATCCTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCTCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTc > 2:395702/1‑150 (MQ=255) ccggtaaaGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTcc < 2:1065448/144‑1 (MQ=255) cccGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACTCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTcc < 1:2103635/150‑1 (MQ=255) cccGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTcc > 1:1969134/1‑150 (MQ=255) cccGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTca > 1:1977034/1‑149 (MQ=255) cGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCTCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAg > 2:1060224/1‑150 (MQ=255) cGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAg < 1:1375884/150‑1 (MQ=255) cGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAg < 2:1359258/150‑1 (MQ=255) cAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGa > 2:936631/1‑150 (MQ=255) aGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATg < 1:1293774/150‑1 (MQ=255) aGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATg < 2:1415138/150‑1 (MQ=255) | GAACTTCAGCGCCTATACCGATGCTAACTACCTCGGTGGTGGTGACGTAGATCAAGACTGGTCCGCGAACGTGGGTGTTAAATATACCTGGTAATATTCTTCACTCCGAAGAAATACTGGTAATTTAATCTAAATAATGCCCGTCAAGGATTTGACGGGCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATG > NC_000913/394325‑394620 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |