| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,314,684 | A→T | 7.1% | intergenic (+26/+34) | ompW → / ← yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,314,684 | 0 | A | T | 7.1% | 343.9 / 11.8 | 124 | intergenic (+26/+34) | ompW/yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/43); new base T (7/2); total (79/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTT > NC_000913/1314536‑1314833 | aTGTCAGTGGGGTCCATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCGGGCCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAatat < 2:2038058/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGTGGTACTTGGATATCGATACATACGCAATTTATATGCTGGGCGGTGGACAGCAAGACGATAGCGTAATCCTCGATCCTTGGGTGTTTATGTTCTCTGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATAc < 2:2002286/150‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTACATGGATATCGCTACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGCTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGATTTTAATTCCGCAAAAAAACGACCCCGTAAAAAACgg > 1:107399/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |