| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,423,531 | T→G | 5.3% | noncoding (12/120 nt) | rrfF ← | 5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,423,531 | 0 | T | G | 5.3% | 293.7 / 2.0 | 105 | noncoding (12/120 nt) | rrfF | 5S ribosomal RNA of rrnD operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/88); new base G (4/2); total (15/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTGGCAGT > NC_000913/3423382‑3423679 | cAAACGGCCCAGTCATCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACt < 2:1620966/150‑1 (MQ=255)cAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAATTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACt < 2:1134319/150‑1 (MQ=38) aGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACAATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGCCCACCGCGCTACGgccg > 1:1832212/1‑150 (MQ=255) ggCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGTCAGTTCCCTACTCTCTCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGGCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgc < 2:1310677/150‑1 (MQ=255) gCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgcc < 2:1306504/150‑1 (MQ=37) gCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgcc < 1:475525/150‑1 (MQ=37) gCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgcc > 1:830757/1‑150 (MQ=37) gCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTgccgcc < 1:374248/150‑1 (MQ=37) gCCCAGTCTTCCGACTGAGCATTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACGgc < 2:1852731/146‑1 (MQ=255) cccAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCa < 1:451532/150‑1 (MQ=37) aGTCTTCCGACTGGGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGGCCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTGCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGAc < 2:1321826/150‑1 (MQ=255) aGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGAc < 1:591292/150‑1 (MQ=38) gTCTTCCGCCTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGGCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACa < 2:350199/150‑1 (MQ=255) 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gCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTaa < 2:1810420/150‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCTTGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCCGCATGGGGTCAGGTGTGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGc < 1:2019013/150‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCTCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGc < 2:843490/150‑1 (MQ=255) tGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTACCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGcc > 1:15006/1‑150 (MQ=255) tttGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACttt < 2:2049893/150‑1 (MQ=255) 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gggCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCa < 1:990708/149‑1 (MQ=255) cGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCa < 2:200233/150‑1 (MQ=255) gCAGGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCAAGACAATTTCTTGTCTACTCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTCCCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCata < 1:998361/150‑1 (MQ=37) gggggTCAGTTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGGCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCa < 1:1510707/149‑1 (MQ=255) ggggTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGTCAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAATATGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCGTATCAg < 1:1738815/150‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGACCACCGCTCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACg < 2:778746/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAGCCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCGCCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGc < 1:1112786/150‑1 (MQ=255) aGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCt > 1:491546/1‑150 (MQ=255) gggACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAAt > 2:10823/1‑150 (MQ=255) gggACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAAt < 1:505877/150‑1 (MQ=255) ggACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAAtt < 2:1733231/150‑1 (MQ=255) accaccGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTTCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTg < 1:1295903/150‑1 (MQ=255) ccaccGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGa < 2:541153/150‑1 (MQ=255) ccaccGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGa < 1:1608485/150‑1 (MQ=255) caccGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGAt > 2:1859862/1‑150 (MQ=255) accGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATg < 2:468721/150‑1 (MQ=255) cgcgCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGcc < 2:550038/150‑1 (MQ=255) gcgcTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCt > 2:1880500/1‑150 (MQ=255) ggcTACTGCCGCCAGACAAATTCTTATCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTg < 1:1409529/149‑1 (MQ=255) cgcTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTg < 1:2061318/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGTTGCTGATACCCAGAGGCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCTCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTGGCAGt < 2:15006/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGTTGCGCTCTACCAACTGAGACATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTGGCAGt > 1:383851/1‑150 (MQ=255) | CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTGGCAGT > NC_000913/3423382‑3423679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |