| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,659,467 | A→C | 7.2% | E79A (GAA→GCA) ‡ | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,659,467 | 0 | A | C | 7.2% | 405.3 / 16.2 | 138 | E79A (GAA→GCA) ‡ | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/65); new base C (5/5); total (67/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGC > NC_000913/3659320‑3659616 | ccgccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGCGCGGTATTATCATTAAACTCAACTTTATCGAAg > 1:1342171/1‑150 (MQ=255) ccATTACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTAGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCTTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGGGGGCGGTATTATCATTAACCGCAACTTTATCGAAGGCg > 2:1481484/1‑150 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:932359/1‑150 (MQ=255) 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ggTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGc < 1:1097023/150‑1 (MQ=255) tgtCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGa > 2:905463/1‑150 (MQ=255) tcACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCga > 2:1451728/1‑149 (MQ=255) tcACACTCTCCCCCGGGTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGACGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGc < 2:770491/150‑1 (MQ=255) cacaCTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCt < 1:1631412/150‑1 (MQ=255) 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ggttcaCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 2:681102/6‑150 (MQ=255) aCGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCAGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:729460/1‑150 (MQ=255) gCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGcc < 2:2077651/150‑1 (MQ=255) tcaCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGTCCGACCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAAACGCCa > 2:878374/3‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGGGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 2:1207817/1‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 1:1738247/1‑150 (MQ=255) ttATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAAGCCCGCATCACCTTTACCCGCCCGGCAt > 2:1266117/1‑150 (MQ=255) tATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGAATAAACCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTGAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTCCCGCCACAAATGCCCGCCTCACCTTTAACCGCCAGGCATc > 1:109139/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCg > 1:1482547/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTAACAGATTGATCCTGCACCTTTACACACCGCGCTAAACTCCGCCAAATGCTCGCTGGCGAACGCGCTCTCGACAGCCAGCAATGCCCGCAGCACCTTTAACCGCCAGGCAACGtt > 2:329706/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTg > 2:1654405/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTg > 1:470673/1‑150 (MQ=255) | CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGC > NC_000913/3659320‑3659616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |