| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,659,468 | A→C | 7.6% | E79D (GAA→GAC) ‡ | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,659,468 | 0 | A | C | 7.6% | 377.3 / 14.7 | 138 | E79D (GAA→GAC) ‡ | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/64); new base C (5/6); total (67/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCT > NC_000913/3659320‑3659617 | ccgccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGCGCGGTATTATCATTAAACTCAACTTTATCGAAg > 1:1342171/1‑150 (MQ=255) ccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCg < 2:860327/150‑1 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTTTTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:510194/1‑150 (MQ=255) 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aaCGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAAcc < 2:2073936/150‑1 (MQ=255) aCGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCAGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:729460/1‑150 (MQ=255) gCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGcc < 2:2077651/150‑1 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGGGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 2:1207817/1‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 1:1738247/1‑150 (MQ=255) aCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATACTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCCGCAATGCCCGCATCACCTTTACCCGCCAgg > 1:1847976/1‑150 (MQ=255) ttATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAAGCCCGCATCACCTTTACCCGCCCGGCAt > 2:1266117/1‑150 (MQ=255) tATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGAATAAACCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTGAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTCCCGCCACAAATGCCCGCCTCACCTTTAACCGCCAGGCATc > 1:109139/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCg > 1:1482547/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTg > 1:470673/1‑150 (MQ=255) aaGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGAAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGc > 1:412374/1‑150 (MQ=255) aGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCATAACAGGCCTAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCt > 1:36726/1‑150 (MQ=255) | CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCT > NC_000913/3659320‑3659617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |