| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,659,469 | G→T | 7.5% | G80C (GGC→TGC) ‡ | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,659,469 | 0 | G | T | 7.5% | 386.6 / 16.2 | 141 | G80C (GGC→TGC) ‡ | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/66); new base T (5/6); total (69/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTG > NC_000913/3659320‑3659618 | ccgccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGCGCGGTATTATCATTAAACTCAACTTTATCGAAg > 1:1342171/1‑150 (MQ=255) ccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCg < 2:860327/150‑1 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTACACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:1109024/1‑150 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:932359/1‑150 (MQ=255) tGACGCCTGAGGTCTGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCAACAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATa < 2:1838997/150‑1 (MQ=255) tGACGCCTGAGGGCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCGCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTAGTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATa < 1:112703/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCATCTTTATCGAAGGCGATaaa > 1:102701/1‑150 (MQ=255) gCCTGAGCGCGGTGTCGGCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGt < 1:336520/150‑1 (MQ=255) 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ggTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCa < 2:1098868/150‑1 (MQ=255) ggTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGc < 1:1097023/150‑1 (MQ=255) tgtCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGa > 2:905463/1‑150 (MQ=255) tcACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCga > 2:1451728/1‑149 (MQ=255) cacaCTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCt < 1:1631412/150‑1 (MQ=255) 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aCGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCAGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 1:729460/1‑150 (MQ=255) tcaCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGTCCGACCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAAACGCCa > 2:878374/3‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGGGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 2:1207817/1‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 1:1738247/1‑150 (MQ=255) ttATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAAAGCCCGCATCACCTTTACCCGCCCGGCAt > 2:1266117/1‑150 (MQ=255) tATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGAATAAACCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTGAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTCCCGCCACAAATGCCCGCCTCACCTTTAACCGCCAGGCATc > 1:109139/1‑150 (MQ=255) cGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTAACAGATTGATCCTGCACCTTTACACACCGCGCTAAACTCCGCCAAATGCTCGCTGGCGAACGCGCTCTCGACAGCCAGCAATGCCCGCAGCACCTTTAACCGCCAGGCAACGtt > 2:329706/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTg > 1:470673/1‑150 (MQ=255) aGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCt < 1:2038724/150‑1 (MQ=255) aGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCATAACAGGCCTAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCt > 1:36726/1‑150 (MQ=255) aGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATACTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCt > 2:1111659/1‑150 (MQ=255) ggCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCGGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTg < 2:2075489/150‑1 (MQ=255) | CCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTG > NC_000913/3659320‑3659618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |