| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,659,470 | G→T | 7.1% | G80V (GGC→GTC) ‡ | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,659,470 | 0 | G | T | 7.1% | 413.2 / 17.1 | 141 | G80V (GGC→GTC) ‡ | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/67); new base T (5/5); total (69/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGA > NC_000913/3659323‑3659619 | ccATTACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTAGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCTTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGGGGGCGGTATTATCATTAACCGCAACTTTATCGAAGGCg > 2:1481484/1‑150 (MQ=255)ccATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCg < 2:860327/150‑1 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTACACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:1109024/1‑150 (MQ=255) cATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGa > 2:932359/1‑150 (MQ=255) tGACGCCTGAGGTCTGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCAACAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATa < 2:1838997/150‑1 (MQ=255) tGACGCCTGAGGGCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCGCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTAGTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATa < 1:112703/150‑1 (MQ=255) aCGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCATCTTTATCGAAGGCGATaaa > 1:102701/1‑150 (MQ=255) gCCTGAGCGCGGTGTCGGCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGt < 1:336520/150‑1 (MQ=255) 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tgtCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGa > 2:905463/1‑150 (MQ=255) tcACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCga > 2:1451728/1‑149 (MQ=255) cacaCTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCt < 1:1631412/150‑1 (MQ=255) cacTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGt < 1:100463/150‑1 (MQ=255) acTCTCGCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCAGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGTCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTa < 2:1950890/150‑1 (MQ=255) acTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTa > 1:1153155/1‑150 (MQ=255) acTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTa < 2:1083605/150‑1 (MQ=255) acTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGCAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTa < 2:1312750/150‑1 (MQ=255) acTCTCCCCCGGTGCGGGCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTa < 1:543443/150‑1 (MQ=255) tctcCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATc > 1:2049035/1‑150 (MQ=255) 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tatCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAc > 2:1651319/1‑150 (MQ=255) atCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCAcc < 2:2067810/150‑1 (MQ=255) cATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCTGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGCGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCtt > 2:1274112/1‑150 (MQ=255) cATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCtt > 2:1748127/1‑150 (MQ=255) cATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCtt < 2:1124890/150‑1 (MQ=255) 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ggttcaCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCg > 2:681102/6‑150 (MQ=255) gCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGcc < 2:2077651/150‑1 (MQ=255) tcaCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGTCCGACCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAAACGCCa > 2:878374/3‑150 (MQ=255) cAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCa > 1:1738247/1‑150 (MQ=255) aCTTTATCGCCTTCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATACTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCCGCAATGCCCGCATCACCTTTACCCGCCAgg > 1:1847976/1‑150 (MQ=255) tATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGAATAAACCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTGAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTCCCGCCACAAATGCCCGCCTCACCTTTAACCGCCAGGCATc > 1:109139/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCg > 1:1482547/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTg > 2:1654405/1‑150 (MQ=255) aaGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGAAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGc > 1:412374/1‑150 (MQ=255) aGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATACTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCt > 2:1111659/1‑150 (MQ=255) ggCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCGGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTg < 2:2075489/150‑1 (MQ=255) gCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTACCCGCCAGGCATCGTTGCTGa > 2:491662/1‑150 (MQ=255) | CCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCGCTGTATCAGATTGATCCTGCACCTTTACAGGCCGAGCTAAACTCCGCCAAAGGCTCGCTGGCGAAAGCGCTCTCTACCGCCAGCAATGCCCGCATCACCTTTAACCGCCAGGCATCGTTGCTGA > NC_000913/3659323‑3659619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |