| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,966,862 | G→A | 24.2% | R149H (CGT→CAT) | rho → | transcription termination factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,966,862 | 0 | G | A | 24.2% | 253.6 / 76.0 | 132 | R149H (CGT→CAT) | rho | transcription termination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/57); new base A (13/19); total (56/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAAC > NC_000913/3966716‑3967010 | taTTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTTAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTgg < 1:2096603/149‑1 (MQ=255)taTTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTACCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTgg < 1:1594512/149‑1 (MQ=255)taTTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTgg < 1:676679/149‑1 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aaCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTaaa < 1:1728754/150‑1 (MQ=255) cTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAAc > 1:1222463/1‑150 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTTTCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgg > 1:440046/1‑149 (MQ=255) cGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGACCGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGGGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgctgc < 2:1436663/150‑1 (MQ=255) gCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgctgct < 2:649354/150‑1 (MQ=255) gCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCGCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgctgct < 1:1114502/150‑1 (MQ=255) cTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgctgctg < 2:479532/150‑1 (MQ=255) tGCACGCAATCTCTCGTCTGCGTATGGAACGGGGTAACGGTTCTTCTGAAGATTTAAGTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTTGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCAtgctgctgc < 2:770295/150‑1 (MQ=255) gCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACATGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCa < 2:816647/150‑1 (MQ=255) gCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACATGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCa < 1:1631931/150‑1 (MQ=255) aCGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACATGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGa > 1:1567305/1‑150 (MQ=255) cAAACTCTCGTCTGCGAATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTAGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTATTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCATAACa > 1:264852/1‑150 (MQ=255) aCTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCATCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTTCAGAACAttt > 1:60154/1‑149 (MQ=255) ctctCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGc > 2:1969532/1‑150 (MQ=255) ctctCGGCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTGCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGc < 1:1843808/150‑1 (MQ=255) cGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCag > 2:106636/1‑150 (MQ=255) tGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCa > 2:57221/1‑150 (MQ=255) tATGGAACGTGGTAACGGTTCTAATGAAGATTAAACTGCCCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGc < 2:949592/150‑1 (MQ=255) aTGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCt > 1:1644013/1‑150 (MQ=255) aTGGAACATGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCt < 1:1936229/150‑1 (MQ=255) tGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCtt < 2:447719/150‑1 (MQ=255) aaCGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACa < 1:496463/150‑1 (MQ=255) | GATTCGCCCGCCGAAAGAAGGTGAACGCTATTTTGCGCTGCTGAAAGTTAACGAAGTTAACTTCGACAAACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAAACCATGCTGCTGCAGAACATTGCTCAGAGCATTGCTTACAAC > NC_000913/3966716‑3967010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |