| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 708,015 | T→A | 7.2% | intergenic (+258/‑319) | glnS → / → chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 708,015 | 0 | T | A | 7.2% | 1450.2 / 13.9 | 494 | intergenic (+258/‑319) | glnS/chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (161/278); new base A (48/4); total (210/284) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 515 total aligned reads displayed.
ATGATCTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGG > NC_000913/707866‑708164 | aTGATCTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAAt < 2:5115152/150‑1 (MQ=255)aTGATCTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAAt > 1:5195887/1‑150 (MQ=255)aTGATCTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTCGCGAATTAATTACGCTTCGCAAt > 1:126001/1‑150 (MQ=255) tGATCTCTGCAATATATTGTGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATATGGCGTTCCCGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAAtt < 1:6339784/150‑1 (MQ=255) aTCTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTa > 1:5526413/1‑150 (MQ=255) aTCTCTGCAATATAGTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTa < 2:7057646/150‑1 (MQ=255) tctcTGCAATTTTTTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATATGGCGTTCACGCCGAATCGGTCAAGAAACTGCAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAt < 1:5078329/150‑1 (MQ=38) ctctGAAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGAAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCTTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATc < 1:803546/150‑1 (MQ=255) gCAATAGATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCCCGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAAGCCACAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCata < 1:3401247/150‑1 (MQ=255) cAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataa > 1:8125520/1‑150 (MQ=255) aaTATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataaa < 1:1028007/150‑1 (MQ=255) atTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataaaataaa < 1:4655072/150‑1 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAAATTATCCATAaaataaat > 2:3135773/1‑150 (MQ=255) aGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCGTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTa < 2:7262768/150‑1 (MQ=255) gTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTGTGCTTTTCTTAGCGAATTAATTACGCTTAGCAATTTATACATAAAATAAAATTaa > 1:3015975/1‑150 (MQ=38) gTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATGCTTTTATTAGCGAATTAATTCAGCTTAGCAATTTATACATAAAATAAATTTaa > 1:4333404/1‑150 (MQ=38) tttGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGATTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTaaa < 1:2382225/150‑1 (MQ=255) cttGCTTTTGTCGGCCGGATAAGGCTTTCACGCCTCATCCGGCAAGAAACAGAAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAAGTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa < 1:1540011/148‑1 (MQ=255) cgtccatttGAAGGCCCGAAAAGGCGTACACGCCGCAACCGCCAACAAACACCAAACAAACCAAAACGCCGCGAACAGCGGCGAATTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATACCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa < 2:2033383/144‑1 (MQ=255) cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa < 1:6924057/150‑1 (MQ=255) cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa > 2:5187692/1‑150 (MQ=255) cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa < 1:7850454/150‑1 (MQ=255) ttttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTTTGGTTTTGTTATGGTATTTATTAAGGTTGGGAATTTATGCATAAAATAAATTTTATATTaaaaaa > 1:1709127/1‑150 (MQ=21) 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gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATta > 2:4037768/1‑150 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATGCTTTTATTCGCGAATTAATTACGCGTAGCAAATTATACATAAAATAAAATTAAAATAAAAAAACAAAAAta > 1:3153016/1‑150 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaa < 2:2704353/150‑1 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCATCGCCATTTATACAAAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaa > 1:6023470/1‑150 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTGTGCTTTTATTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATACATAAAATAAATTTTAAATTAAAAAACATAATtaa > 1:7509371/1‑150 (MQ=255) 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gtCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAatcatc < 1:201151/149‑1 (MQ=255) tCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAAtcatca < 1:4296346/150‑1 (MQ=255) tCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAAtcatca > 2:2273431/1‑150 (MQ=255) cGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCaaa > 1:3756349/1‑150 (MQ=255) gCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAACGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCaaaa > 2:4293895/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |