Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 6.2% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 6.2% | 1008.6 / 36.0 | 282 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | lipid A phosphoethanolamine transferase/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/129); new base A (8/10); total (143/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
GCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATAAC > NC_000913/4335510‑4335804 | gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGTTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAAAATCACTGTGTTTCAAACGAACAAAGTGCGCATATGCTCTCAAAGAAAAATTAATAAAACCTAAAGTTCTTa > 2:1906277/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 2:94059/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 2:720515/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 1:2266612/1‑150 (MQ=255) gCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa > 2:4170843/1‑150 (MQ=255) cAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa < 1:891179/150‑1 (MQ=255) tAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGtt < 2:3225219/150‑1 (MQ=255) agagATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg > 2:1827198/1‑150 (MQ=255) agagATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTg < 2:1958140/150‑1 (MQ=255) agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTgga > 2:3049702/1‑149 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCttt > 2:3606139/1‑150 (MQ=255) tataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCttt > 2:2054933/1‑150 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCtttt < 2:525989/150‑1 (MQ=255) 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ccAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTgg > 1:1670674/1‑150 (MQ=255) ccAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTgg < 1:2845722/150‑1 (MQ=255) caacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTggt > 2:134228/1‑149 (MQ=255) caacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGa > 2:1222035/1‑150 (MQ=255) caacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGa > 1:781948/1‑150 (MQ=255) aacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGAt > 1:653769/1‑150 (MQ=255) aacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGAt > 2:618139/1‑150 (MQ=255) acaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGAtt > 1:1083501/1‑150 (MQ=255) acaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCGGGTATGTTTGCTGGAtt > 2:1601756/1‑150 (MQ=255) caaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTa > 1:2723938/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |