| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 644,030 | A→G | 6.7% | intergenic (‑63/+167) | rnk ← / ← rna | regulator of nucleoside diphosphate kinase/ribonuclease I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 644,030 | 0 | A | G | 6.7% | 974.4 / 42.9 | 300 | intergenic (‑63/+167) | rnk/rna | regulator of nucleoside diphosphate kinase/ribonuclease I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (121/155); new base G (6/14); total (128/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GGCAAACCAGCATAGGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGAGGGTTTAACTCACATGATGATACTGACTGTTGCTCACTCTTTGAAGTGATTTGCGTCACATTCAGGGAATTCCTCAATGCAGCGCATTATGTATAAATCTTAATCGCCTTGGTTTATGGAAGACGAATTAGCGTG > NC_000913/643882‑644179 | aCCAGCATAGGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCa < 2:2567412/150‑1 (MQ=255) gCATAGGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAggcg > 2:1814782/1‑150 (MQ=255) aGGCGGGTTGCTCCAGCAGAATATCGATGCGTTCGGCATCCAGGTCGTTAATGATGATAGTTGGTCTGGACATTTTTACTCCATGTCGTCGGTGCTGCGAGTGTCGCAGATAAACATACCCAAAAGAAAACCCTCACCGTCAGGCGGCGa < 2:4003481/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |