Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,314,684 | A→T | 5.6% | intergenic (+26/+34) | ompW → / ← yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,314,684 | 0 | A | T | 5.6% | 732.9 / 24.7 | 210 | intergenic (+26/+34) | ompW/yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/83); new base T (10/2); total (124/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCTT > NC_000913/1314535‑1314833 | cATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAata < 2:164297/150‑1 (MQ=255) aGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATCTACggg > 1:1428541/1‑150 (MQ=255) aCATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATaa > 1:848156/1‑150 (MQ=255) aCATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATaa > 1:2576660/1‑150 (MQ=255) aCATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATaa > 1:161439/1‑150 (MQ=255) aCATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATaa > 1:1701094/1‑150 (MQ=255) cATGGATAGCGATACCACCGCCAATTTTAAGCTGGGCGGTGCACTGCAACACGATTGCGTACGCCTCTTTGCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCCGGTTATCGTTTTTAATTCCGCACAAACACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAg < 2:3911799/150‑1 (MQ=255) tGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGTATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGa < 2:2019656/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |