| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3943176 = | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/272 | NT | 100% | noncoding (1369/1542 nt) | rrsC | 16S ribosomal RNA of rrnC operon |
| ? | NC_000913 | 3943221 = | 0 (0.000) | noncoding (1414/1542 nt) | rrsC | 16S ribosomal RNA of rrnC operon | |||||
CGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGC > NC_000913/3943072‑3943370 | cccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgt > 2:674500‑M2/150‑150 (MQ=255)cccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgt > 2:876001‑M2/150‑150 (MQ=255)cccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcaagaatcacacagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaccccactcccatggtgtgacgggcggtctctccaaggcccgggcacgtataccccgt > 1:1231419‑M2/150‑150 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccctggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg > 1:817336‑M2/149‑150 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg > 1:68332‑M2/149‑150 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg > 1:778531‑M2/149‑150 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg < 1:1059820‑M2/2‑1 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggggtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg > 1:248246‑M2/149‑150 (MQ=255) ccctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctaccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccacgcccatggggtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTg > 2:149452‑M2/149‑150 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgccttcaccccagtcctgaatcccacaggggtaagcgccctcccgatggtaaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgactggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg < 2:1166097‑M2/3‑1 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttacgctacctacttcttttgcaacccacccccatggggtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg < 2:1193500‑M2/3‑1 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg < 1:737455‑M2/3‑1 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg > 1:230224‑M2/148‑150 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg > 1:880588‑M2/148‑150 (MQ=255) cctacggttaccttgttacgacttcaccccagtcatgaatcacaaagtggtaagcgccctcccgaaggttaagctacctacttcttttgcaacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTgg < 1:1428793‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGt > 1:1489312‑M2/52‑150 (MQ=255) caacccactcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgtcacaccaTGGGAGGGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACGTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTATCAAGGTAACCGt > 1:389067‑M2/52‑150 (MQ=255) tcccatggtgtgacgggcggtgtgtacaaggcccgggaacgtattcaccgTGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTa > 1:576994‑M2/51‑150 (MQ=255) TGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGc < 2:939941‑M2/150‑1 (MQ=255) TGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGc < 2:566626‑M2/150‑1 (MQ=255) TGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGc < 2:124223‑M2/150‑1 (MQ=255) TGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGc < 1:1204355‑M2/150‑1 (MQ=255) | CGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGCGTTCTTTGC > NC_000913/3943072‑3943370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |