Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,140,401 | T→C | 7.4% | P404P (CCA→CCG) | asmA ← | suppressor of OmpF assembly mutants; putative outer membrane protein assembly factor; inner membrane‑anchored periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,140,401 | 0 | T | C | 7.4% | 305.2 / 11.1 | 108 | P404P (CCA→CCG) | asmA | suppressor of OmpF assembly mutants; putative outer membrane protein assembly factor; inner membrane‑anchored periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/50); new base C (3/5); total (53/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.43e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGTGGCTGGAAGTTTATCCGCGGATTTATTGATGTCGCGTCCAGCGTGCCCGGCAGTGAAACCTGTCCACCGTTAAGTTTGCCCTGCAGTTGAGTAATTTCCAGCAAACCCGACTTGTTGGTCATTTGCGTGGCAACATCTGTAAAATTC > NC_000913/2140255‑2140548 | tgtgCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGTGGc < 2:313770/150‑1 (MQ=255) gtgCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGGCATATTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGTGGCt > 2:51587/1‑150 (MQ=255) gCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGTGGCTgg > 2:532768/1‑150 (MQ=255) 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cttCCAGCCACGGCTGGAAGTTTATCCGCGGATTTATTGATGTCGCGTCCAGCGTGCCCGGCAGTGAAACCTGTCCACCGTTAAGTTTGCCCTGCAGTTGAGTAATTTCCAGCAAACCCGACTTGTTGGTCATTTGCGTGGCAGCATCTg > 1:1867622/2‑150 (MQ=255) cGTGGCTGGAAGTTTATCCGCGGATTTATTGATGTCGCGTCCAGCGTGCCCGGCAGTGAAACCTGTCCACCGTTAAGTTTGCCCTGCAGTTGAGTAATTTCCAGCAAACCCGACTTGTTGGTCATTTGCGTGGCAACATCTGTAAAattc < 2:476835/150‑1 (MQ=255) | TGTGCCTGTCCTTGCCAGTTGTGGCGGAATGCGTCGGCATCTATGTCAGCACCGGAGAAATCACCAGCCAGTGACATTTTTCCGGTCAACGAAATCGGATAGTTAAACGCCTTCAGAATGGTACCAATCTCAACGTTTTCCAGCCGTGGCTGGAAGTTTATCCGCGGATTTATTGATGTCGCGTCCAGCGTGCCCGGCAGTGAAACCTGTCCACCGTTAAGTTTGCCCTGCAGTTGAGTAATTTCCAGCAAACCCGACTTGTTGGTCATTTGCGTGGCAACATCTGTAAAATTC > NC_000913/2140255‑2140548 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |