| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,449,202 | A→T | 5.1% | intergenic (+45/+26) | smrB → / ← yfcO | putative DNA endonuclease/DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,449,202 | 0 | A | T | 5.1% | 395.9 / 5.3 | 138 | intergenic (+45/+26) | smrB/yfcO | putative DNA endonuclease/DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/71); new base T (2/6); total (61/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTG > NC_000913/2449054‑2449351 | cGCATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGAATGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAAt < 1:890399/150‑1 (MQ=255) cATGTGATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGc > 2:48036/1‑150 (MQ=255) gtgATGGCCTTTCATCAGGCACCAAAAGAGTATGGCGGTGATGCGGCGTTGTTGGTGTTGATTGAAGTCGAAGAGTGGCTGCCGCCGGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGcccc > 1:1748691/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |